拓跋燾推行的政治政策一定程度上有利于社會安定，推進了鮮卑封建化的進程，但拓跋燾畢竟是封建帝王，沒有擺脫民族的界限，更沒有停止過對各族人民的壓迫和剝削，因此，在拓跋燾統治時期，民矛盾和階級矛盾仍然十分尖銳。

盧水胡是匈奴別部，因居于盧水而得名，自東漢以來聚居于湟中，其后漸分布于秦、隴，杏城鎮等地。后魏平定關中后，在這里設置軍鎮，加強對盧水胡的控制。

大魏政府遷徙瀘水胡人，加重其賦稅，太平真君六年，關中地區爆發了盧水胡蓋吳領導的武裝起義。

起義爆發后，魏長安鎮副將元紇率軍前往鎮壓，被擊敗。于是，關中各族人民盡皆響應，起義軍擴大到十萬余人，分兵三路，一路由白廣平率領向西南攻取新平、安定，一路向東南攻取臨晉，從東面威逼長安，蓋吳自領一軍攻取李潤堡，直插渭北，準備進攻長安。

拓跋燾急忙調發高平鎮敕勒騎兵趕赴長安，又令將軍長孫拔調集并、秦、雍三州之兵屯守渭北。

與此同時，聚居于河、汾間的河東蜀在薛永宗領導下于太平真君六年十一月襲擊魏在河東的牧場，奪取馬匹，組織了一支三千余人的騎兵，在汾曲發動起義。

蓋吳派人和薛永宗取得聯系，薛永宗接受蓋吳的任命為秦州刺史，先后攻取聞喜、弘農，逼近潼關，隊伍亦發展到五萬余人。

兩支起義軍連衡相應，結成犄角之勢，聲威大震，北起杏城，南至渭北，西抵金城，東及河東，以陜西中部為中心，包括甘肅東部、寧夏東南部、山西西南部、河南西北部的廣大地區都處于起義軍的控制和影響之下。

蓋吳派使臣趙綰上書宋文帝，希望劉宋政權能出師河、陜，形成對北魏南北夾攻的態勢。

在關中統治搖搖欲墜的情況下，拓跋燾親自領軍征討，他采取分兵牽制、各個擊破的策略，由殿中尚書乙拔將三萬騎討蓋吳，西平公寇提將萬騎討白廣平，自領主力進攻薛永宗。

太平真君七年正月，大軍兵臨汾曲，利用當地豪強建立壁壘，隔斷薛永宗和蓋吳的聯系，隨后乘起義軍沒有戒備的情況下發起突然襲擊，鎮壓了這支起義軍。二月，拓跋燾率軍渡過黃河，至洛水橋。蓋吳聞訊后北撤，在杏城遭到魏軍包圍，損失嚴重，再次上書宋文帝，希望劉宋政權能出師援救，但未能如愿，八月，蓋吳被叛徒所殺，起義軍被鎮壓。

在鎮壓蓋吳起義的過程中，拓跋燾對沿途響應起義的各族人民進行了殘酷殺戮，力圖以民族高壓政策來扼殺反抗斗爭，暴露了其統治者的本性。

消滅了內部的隱患，拓跋燾開始專心對外。

柔然在魏朝建立之初就是其

大敵。拓跋燾十二歲便遠赴河套抗擊柔然的入侵，把邊塞軍務整頓的有聲有色。

始光元年，拓跋燾即位后不久，柔然可汗牟汗紇升蓋大檀率六萬騎兵進犯云中，拓跋燾率輕騎赴擊，被柔然軍包圍達五十重，拓跋燾聲色剛毅威嚴，不為所動，這才穩定了軍心。后北魏軍射殺柔然大將於陟斤，柔然乃退。

始光二年，拓跋燾整頓兵馬，突襲柔然，大破柔然軍隊主力，從此，拉開了魏朝對柔然的戰略大反攻的序幕。

神麚二年，拓跋燾分兵兩路，取道黑山和大娥山，大舉攻打柔然。

拓跋燾親自率領輕騎軍長途奔襲，出奇制勝，很快就抵達栗水，俘虜敵軍甚眾。這次的戰果十分輝煌，被稱為北魏破柔然之戰。

從光始元年至太平真君十年的二十五年間，拓跋燾十三次率軍進攻柔然，擊潰高句麗等柔然附屬部落，擴地千余里，后設六鎮抵御柔然入侵。終于使柔然“怖成北竄，不敢復南”，“邊疆息警矣”。

從此之后，柔然一蹶不振，這是既漢武帝重創匈奴之后，中原王朝對北方游牧民族的又一次重大勝利。