黃達(dá)為東海艦隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)，駐地為濟(jì)州。
武大亭為倭國(guó)艦隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)，駐地?cái)z津等地。
李俊為南洋艦隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)，駐地三佛齊新港等地。
阮小二為護(hù)衛(wèi)艦隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)，駐地梁山。
攝津提神為高麗艦隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)，駐地開(kāi)城。
另設(shè)運(yùn)輸艦隊(duì)，吳璇為主事，負(fù)責(zé)各地水運(yùn)運(yùn)輸和商船事宜。
各部水師、水面運(yùn)輸部隊(duì)合計(jì)五萬(wàn)人。
軍隊(duì)分為野戰(zhàn)部隊(duì)和護(hù)衛(wèi)部隊(duì)，編制上分為師、團(tuán)、營(yíng)、連、排、班，一個(gè)師滿(mǎn)編為一萬(wàn)人，另在師以上設(shè)置軍，一軍為三個(gè)師，軍的設(shè)置是為了方便面對(duì)一方之?dāng)硶r(shí)協(xié)同各師作戰(zhàn)。
另外取消原來(lái)的野戰(zhàn)師和守衛(wèi)師的稱(chēng)呼，改為前一百個(gè)師編制為野戰(zhàn)部隊(duì)，一百之后的部隊(duì)為地方部隊(duì)，防止部分軍士因?yàn)榉Q(chēng)呼而對(duì)自己的要求降低。
重新整編后確定陸軍編制為三十五個(gè)師，其中野戰(zhàn)部隊(duì)十二個(gè)師，騎兵師三個(gè)，炮兵師一個(gè)，弩炮師兩個(gè)，地方部隊(duì)二十一個(gè)師。
而軍在下轄的時(shí)候，并不是野戰(zhàn)部隊(duì)或地方部隊(duì)，而是經(jīng)常兩者皆而有之，這一方面是為了制衡，一方面也是實(shí)際需要。
軍編制如下
第一軍，軍長(zhǎng)盧俊義，下轄兩個(gè)野戰(zhàn)師，一個(gè)地方師，分別為第一師，第二師，第一百零一師，師長(zhǎng)亦里干、獨(dú)虎術(shù)、唐斌。所屬防區(qū)為高麗、枯葉島。
第二軍，軍長(zhǎng)晁蓋，下轄一個(gè)野戰(zhàn)師，兩個(gè)地方師。分別為第三師，第一百零二師，第一百零三師，師長(zhǎng)分別為朱仝、劉唐、雷橫，所屬防區(qū)為京東兩路。
第三軍，軍長(zhǎng)趙匡，下轄一個(gè)野戰(zhàn)師，兩個(gè)地方師。分別為第四師，第一百零四師，第一百零五師，師長(zhǎng)分別為穆弘、李公壽、鄭惟晃，所屬防區(qū)為高麗、濟(jì)州島。
第四軍，軍長(zhǎng)成閔，下轄兩個(gè)野戰(zhàn)師，一個(gè)地方師。分別為第五師，第六師，第一百零六師，師長(zhǎng)分別為魏定國(guó)、單廷珪、姜信泰，所屬防區(qū)為京東兩路。
第五軍，軍長(zhǎng)毛利勝永，下轄一個(gè)野戰(zhàn)師，兩個(gè)地方師。分別為第七師，第一百零七師，第一百零八師，師長(zhǎng)分別為源為義，平忠盛，安倍泰清，所屬防區(qū)為倭國(guó)。
第六軍，軍長(zhǎng)平正盛，下轄三個(gè)地方師，師長(zhǎng)分別為真田幸村，大友道雪，坂部平太，所屬防區(qū)為倭國(guó)。
第七軍，軍長(zhǎng)尹彥旼，下轄三個(gè)地方師，師長(zhǎng)分別為金敦中，解珍，林木。所屬防區(qū)為高麗。
第八軍，軍長(zhǎng)李之美，下轄一個(gè)野戰(zhàn)師，兩個(gè)地方師，師長(zhǎng)為鄭昆緯，兵部卿，藤原惟。所屬防區(qū)為倭國(guó)。
第九軍，軍長(zhǎng)李應(yīng)，下轄一個(gè)野戰(zhàn)師，兩個(gè)地方師，師長(zhǎng)分別為史進(jìn)，韓滔，彭玘。所屬防區(qū)為京東兩路。
第十軍，軍長(zhǎng)李助，下轄一個(gè)野戰(zhàn)師，兩個(gè)地方師。師長(zhǎng)分別為劉以敬，上官義，袁朗。所屬防區(qū)為兩淮。
第十一軍，軍長(zhǎng)徐寧，下轄一個(gè)野戰(zhàn)師，兩個(gè)地方師。師長(zhǎng)分別為韓伯龍、扈成、滕戡。所屬防區(qū)為京東兩路。
以上合計(jì)編制為三十三萬(wàn)人，其中駐守倭國(guó)三個(gè)軍，高麗、枯葉島、濟(jì)州島三個(gè)軍，京東兩路四個(gè)軍，兩淮一個(gè)軍除野戰(zhàn)師外，各地的地方部隊(duì)均為當(dāng)?shù)乇矗皯?zhàn)師大都為漢人兵源，但亦里干、獨(dú)虎術(shù)的兩個(gè)師中有一半以上為枯葉島上的土著。
其實(shí)這些只是編制，實(shí)際兵力并沒(méi)有這么多，另外在倭國(guó)、高麗還有地方衙役等輔助部隊(duì)。
另外還有幾只特設(shè)部隊(duì)，編制如下
近衛(wèi)師，下轄五個(gè)加強(qiáng)團(tuán)，團(tuán)長(zhǎng)分別為杜壆、李忠、武松、石秀、魯智深，師編制為一萬(wàn)五千人，其中李忠所屬三千人為火槍兵。
原為近衛(wèi)師的扈三娘因?yàn)榧藿o了盧俊義，姜德特批其在盧俊義的第一軍中任盧俊義的貼身護(hù)衛(wèi)。
第一騎兵師，師長(zhǎng)呼延灼，編制三千人。
