二十五日，蔡元培一行到達北京。袁世凱用極高的禮節，打開正陽門，舉行隆重歡迎儀式。下午，蔡元培一見袁世凱，就遞交出孫.中.山請其就職的手書及參議院的選其為臨時大總統的選舉狀。懇請其盡速南下就職。

當晚，袁世凱委派外務部首領胡惟德舉行盛大宴會招待。

二十七日，袁世凱邀請蔡元培一行人舉行坐談會，在談到去南京就職一事時，他表示，現在他正在處理手頭上的一些事，等這些事有了眉目后，他將盡快去南京。態度很好，不在堅持不離開北京了。

蔡元陪等人對袁世凱的態度，很滿意，也給予了稱贊和肯定。

事情已經到了這一步，袁世凱不能再堅稱不離開北京了。中.山先生說了，袁世凱一天不到南京就職，他就一天不交出中華民國臨時大總統的職務。任命袁世凱為總統大參議院也在南京，如果參議院因袁世凱遲遲不去南京就職，做出新的任命，不是很麻煩嗎？人家這么多人，興師動眾的來接你，你有再多的理由，也不能一口回絕呀！

按照北京行政當局的安排，為慶祝結束帝制，中華民國的誕生，也為了歡迎迎接使團，北京要連續三天舉行慶祝活動，晚上還要提燈游行。

但是，就在慶祝活動進行的第二天，北京響起了槍炮聲。

開始，人們誤以為是慶祝禮炮，但很快發現是兵變。

一九一二年二月二十九日（陰歷正月十二日）晚六時，第三鎮兵一部炮、淄兩營因扣餉事潰變。變亂先由駐扎朝陽門（也叫齊化門）的第九標之炮隊引起，隨后駐于祿米倉的輜重隊、帥府原煤炸胡同東城土地廟駐軍紛紛與之呼應，起兵作亂。

炮隊先在朝陽門外為亂，而后炮擊強行進入朝陽門，輜重隊在城內與之配合，打開城門，兩隊匯合后向西行進，一路毀壞民居，劫掠無數。

當晚亥時初（21：00多）亂軍至專使團居處，直言只索要財物，蔡元培等立即避去，衣物行李盡 。下半夜西城、北城也發生騷亂，土匪和部分巡警加入搶劫。

當晚兵變的結果是商民遭搶劫者四千余家，京奉、京漢鐵路局，大.清、交通、直隸三銀行以及制幣廠亦遭劫掠，損失白銀九百多萬兩。專使住所被洗劫一空。蔡元培等人避入東交民巷內的六國飯店，僅以身免。

這場兵變，發生的時間節點太過蹊蹺，很容易使人想到是有人刻意組織、安排，目的就是阻止袁世凱離開北京。因為兵變的士兵高喊的口號就是“宮保走了，沒人管我們了”。用這樣傷天害禮的無恥，卑鄙的手段，實現袁世凱不去南京就任的目的，可謂駭人聽聞。

大多數人說，這場兵變是袁世凱一手策劃的。因為，舉行兵變的是袁世凱專門調到京城保護他的曹錕的北洋三鎮。

兵變發生后，有人曾見，曹錕到袁世凱這里報功。也沒管有沒有外人在，見面就叫嚷：“報告大總統，昨晚奉大總統的密令，兵變之事，已辦到矣。”

袁世凱氣得大罵曹錕：“胡說，滾出去。”

兵變把北京破壞成那個樣子，給老百姓帶來那樣的浩劫，兵變后沒追究任何人的責任，也沒處罰過任何人。管理社會治安的警察部隊都躲了起來，陸建章的軍法執行處也沒有任何作為。人們懷疑是袁世凱策劃，當然理由充分。

也有人認為，這是袁世凱的長子袁克定，背著袁世凱，打著袁世凱的旗號，串通曹錕所為。

持這種觀點的人，主要理由是：蔡元培來北京后，耳聞目睹了很多情況后，經過他們的從中斡旋，南京方面已經不再堅持，一定要把臨時首都放在南京了。

已經讓步到，袁世凱只要去一次南京，在參議院宣誓就職就可以了。去南京一次，不是再容易不過的事，袁世凱沒有必要搞什么兵變。

他們的另一個理由是，袁世凱不至于