九日受任籌辦全國鐵路，提倡修筑鐵路二十萬里。可惜當時人們沒有遠見，以為修筑二十萬里鐵路簡直是神話，于是大家以“孫大炮”嘲笑孫中山。

其實當時美國已有一百多萬里鐵路，中國比美國大，即使修筑了二十五萬里根本算不得一回事。而國人竟大驚小怪如此，實在太淺見了。

孫中山慨然統一籌劃全國鐵路大計，第一步預定修筑三大路線：第一條是由廣州經廣西、云南接緬甸鐵路；第二條是由廣州經湖南、四川達西藏；第三條由揚子江口經江 蘇、安徽、河南、陜西、甘肅、新疆以迄伊犁。

籌款方法主張借款，“如京奉、京漢、滬寧諸路辦法，其條件以不礙中國主權為范圍”。資本訂六十億元，里程二十萬里，期限十年。

計劃才告擬定，由于二次革命以及袁世凱撤銷孫中山鐵路籌辦全權，此一宏大計劃，乃隨孫之去而告流產。

七月月二十三日袁世凱同時發布命令，稱黃興、陳其美、柏文蔚為“叛徒”，責成馮國璋、張勛捉拿黃興到案，還發出捉拿賞格，捉到黃興的賞洋十萬，捉到陳其美的賞洋五萬。

上海、南京兩地的討袁軍相繼失敗后，八月二日孫中山乃乘德輪約克號離滬。本意擬去廣東，不料次日經馬尾，日本駐福州領事館武官多賀京之來告，“駐粵將領張義權、蘇慎初已與龍濟光勾結，接受袁世凱亂命”，恐不安全，孫中山乃決定改赴臺灣。

行前召見隨行同志梅光培、李朗如，令梅、李兩人先至**，自己則偕胡漢民去臺灣，并把隨身所帶全部款項六百元交梅、李備用。梅、李拒不肯受，胡漢民勸他們接受，大家黯然話別，分道而行。

孫中山偕胡漢民抵臺后，張繼、馬君武亦隨后趕至。這時各地的討袁軍都相繼失敗，孫乃轉去日本。

不料袁世凱已要求日本拒絕孫上岸。幸得船長的掩護，以及國民黨在日本的負責之人丁懷瑾（石僧）的布置，日本友人萱野長知等的協助，才得在神戶秘密登岸。這時隨侍孫在神戶的是胡漢民和廖仲愷，丁懷瑾則往來東京、神戶各地，對外連絡。

九月六日北京總檢察廳秉袁世凱命下令通緝二次革命首要。以黃興、陳其美、鈕永建、何海鳴、岑春煊五人為寧滬倡亂首魁，其余孫中山、張繼、李烈鈞、柏文蔚、譚人鳳、陳炯明亦在通緝之列。不久，黃興、陳其美、居正、戴傳賢、邵元沖、鄧鏗、田桐等亦先后亡命至日本。

民國二年的討袁之役（又稱為癸丑之役、贛寧之役、湖口之役和二次革命），可惜是曇花一現，它是民國成立后的第一次南北戰爭。這一次戰爭的結果使得北洋軍源源進入南方各省，除了廣西、貴州、云南、四川省外，其他南方各省都成為了北洋軍及其附屬軍的征服地，袁家天下已囊括了全國十分之九。

至于桂、黔、滇、川四省為什么沒有給北洋軍侵入，一來是這四省的都督都不是屬于國民黨系，二來是這四省地處偏遠，袁覺得鞭長莫及。由于地盤擴大，北洋軍既要鎮攝北方，又要占領新奪到的南方各省，當然感到兵力不敷分配，于是乃大舉擴充，從此北洋軍的番號便越來越多了。

國民黨第二次革命失敗，對于中華民國的影響是極大的。因為袁世凱的勝利進一步膨脹了他獨裁稱帝的野心，使中華民國民主事業，遭受到了致命的打擊。

戰爭的最終結果是袁世凱所代表的軍政集團大獲全勝，國民黨在廣東、江西、安徽三省勢力也都被一一清除。“三藩”既除，其他省的大佬們也就噤若寒蟬，唯袁世凱是命了。

平定二次革命中，袁世凱很注意做反袁派的分化瓦解工作。他曾令梁士詒、曾彝進轉告討袁派說：“現在看透孫（中山）、黃（興）除搗亂外無本領。左又是搗亂，右又是搗亂，我受四萬萬人民付托之重，不能以四萬萬人之財產生命，聽人搗亂！自信政治軍事