軍.務院所在地時，一切軍政、民政、對內、對外事宜，以軍.務院名義行之。

第三條：軍務院置撫軍，無定員。以撫軍議決或同意行其職權。撫軍以各省都督或護理都督、全省以上聯合軍都司令、都參謀及各獨立地方成軍有二師以上之軍總司令任之。凡新取得前項資格者，同時取得撫軍資格。

第四條：軍.務院由撫軍互選撫軍長、副長各一人。撫軍長執行撫軍議決及同意之事項。撫軍得贊襄撫軍長協理一切。撫軍長有事故時，副長攝行職權。撫軍長、副長俱有事故時，得公推撫軍代攝行職權。

第五條：軍務院置政務委員會，由撫軍互選一人領委員長。設各種委員，無定員，分掌外交、財政、軍政、法制各項政務。

第六條：軍務院置各省代表會，由各省都督各派二員列席，以備咨詢。

第七條：軍務院置秘書，無定員，承撫軍長、副長、政務委員之命，掌管機要事宜。

第八條：軍務院遇有關于對內、對外特別重要事宜時，由撫軍之合議或同意得特任專使處理之。

第九條：軍務院所屬各種委員會、各省代表會組織細則，以院代定之。

第十條：軍務院自國.務.院依法成立時撤廢之。

原來擬議中的撫軍長是岑春煊，其后決定推唐繼堯。因為云南唐繼堯是護國首義之人，又是實力派，由唐繼堯為撫軍長更合適些。這樣，岑春煊便出任副撫軍長。

軍務院設于肇慶，唐繼堯遠在昆明，便由岑春煊以副撫軍長代理撫軍長。并推劉顯世、陸榮廷、龍濟光、梁啟超、蔡鍔、李烈鈞、陳炳焜為撫軍。

撫軍資格規定為獨立各省都督及軍長以上的實力派，梁啟超則是特殊的例外，是實力派以外的人。因為是倒袁的首創者，又是護國精神領袖蔡鍔的老師，所以他很自然地成為軍務院中的政.務委員會委.員.長。

軍務.院直隸大總統，這里所謂的大總統當然不是袁世凱。大總統不能施行職務時，由軍務院代行，軍務院置各省代表會，由各省都督派代表二人列席。以唐紹儀為外交代表，王寵惠和溫宗堯為副代表。

唐繼堯遙任撫軍長后，通電中外，略謂：“迫于時艱，勉膺重任，謹掬血誠，誓以公心效忠國事，一俟大難削平，即當退避賢路。”

蔡鍔是反對設立軍務院的，當五月初旬兩廣籌組軍.務院時征求滇、黔意見，蔡即復電認為目前只須迫袁退位，而由段祺瑞出面主持。“不宜組.織政.府，致招爭權奪利之嫌，而啟南北分裂之漸”。

蔡鍔的想法和當年朱元璋“緩稱王”的思想是相通的。是想明白的告訴世人，他們大家挺身而出反對袁氏稱帝，是為了捍衛共和，為了護國，而不是為爭權奪利。

軍務.院成立后，發表第一號宣言：

“中華民國大總統領海陸軍大元帥一職，依法應由副總統黎公繼任，已由本軍政.府宣言在案。但黎公今方陷賊圍，未克躬親職務。查《大總統選舉法》第五條第二項云：大總統因故不能執行職務時，以副總統代理之。副總統同時缺位，由國,務.院攝行其職。今大總統身體蒙難，副總統職尚虛懸，國.務.院又非俟大總統任命，經國會同意后，不能組織。

“而軍事正亟，既當求統一之方，至國運方新，尤宜作通籌之計。今由繼堯等往復電商，特暫設一軍.務院，直隸大總統，指揮全國軍事，籌辦善后。軍務院置撫軍若干人，用合議制裁決庶政。其對外交涉，對內命令，皆由本院名義行之。俟國.務.院成立時，本院即當裁撤。除將軍務.院組織條例別行公布外，特此布告中外，咸使聞知。”

軍.務.院各首領就任宣言：

“北京黎大總統，云南、貴州、南寧、廣州、杭州都督府，瀘州護國軍第一軍總司令部、南寧護國軍第二軍總司令部