調(diào)理，只以時事艱難，東南大局，賴其主持，諭令在署醫(yī)治，力疾視事，方冀調(diào)攝就痊，長資倚畀。乃本日據(jù)齊耀琳、齊燮元電呈‘該巡閱使兩月以來，臥病奄纏，每以時局糾紛，統(tǒng)一未成，平時述及，聲淚俱下，近更疚憂愧恨，神經(jīng)時復錯亂。

“本月十一日，忽于臥室，用手槍自擊，傷及右脅乳下，不及療治，登時出缺。手寫遺書，縷述愛國愛民素愿莫酬，不得已以身謝國，惓惓于蘇省之治安，國家之統(tǒng)一，籌慮周密，語不及私。’披覽之余，曷勝震悼！該故巡閱使年力未衰，猷為正遠，乃以焦憂大局，報國捐軀，枉失長城，實為國家痛惜。著派齊耀琳即日前往致祭，給予治喪營葬費一萬元，所有該故使身后事宜，著齊燮元、齊耀琳督飭所屬，妥為辦理。靈柩回籍時，沿途地方官，一體照料。生平政績，宣付國史立傳，并候特制碑文，刊立墓道，以彰殊績。仍交陸軍部照上將例從優(yōu)撫恤，用示篤念勛勞之至意。此令。”

李純第一封遺書致齊省長耀琳、齊幫辦燮元“純?yōu)椴∧龋嗖豢把裕瑑稍乱詠恚荒芾硎拢O誤良多，負疚曷極。求愈無期，請假不準，臥視誤大局，誤蘇省，恨己恨天，徒喚奈何。一生英名，為此病魔失盡，時有疑李督患梅毒，不能治愈，痛苦萬狀，而出于自殺者，即從遺書中屢言病魔，推想出來，其實于情理不合。尤為恨事。以天良論，情非得已，終實愧對人民，不得已以身謝國家，謝蘇人，雖后世指為誤國亡身罪人，問天良，求心安。至一生為軍人，道德如何，其是非以待后人公評。事出甘心，故留此書，以免誤會，而作紀念耳。李純遺書。九年十月十日。”

李純留有遺電致全國各界“和平統(tǒng)一，寸效未見。殺純一身，愛國愛民，素愿皆空。求同胞勿事權利，救我將亡國家，純在九泉，亦含笑感激也。李純留別。十月十一日。”

李純還有遺言談及其身后的希望“純今死矣，求死而死，死何足怨？但有四樁大事，應得預先聲敘明白（一）代江浙兩省人民，叩求盧督軍子嘉大哥，維持蘇浙兩省治安，泉下感恩。（二）代蘇省人民，叩求齊省長，望以地方公安為重，候新任王省長到時，再行卸職。（三）蘇皖贛三省巡閱使一職，并未受命，叩請中央另簡賢能，以免遺誤。（四）江蘇督軍職務，以齊幫辦燮元代理，懇候中央特簡實授，以維全省軍務，而保地方治安。叩請齊省長、齊幫辦及全體軍政兩界周知。李純叩。十月十一日。”

在皖系橫行之時，被百般欺辱，不可能不整日憂心重重，卻未因“憂”而自殺。為何卻在皖系慘敗，直系鼎盛，正當揚眉吐氣之時而尋短見呢？

關于李純之死，頗多疑點。后傳說是李妾與馬弁私通，被李發(fā)現(xiàn)后，馬弁將李純擊斃；也有傳說其部下師長齊燮元心狠手辣，詭譎多變，時有謀取李位而自代之心，因而將其謀殺。

但是，流傳更多更廣的，是另一種說法。