。由于后援不濟，于拂曉乘霧撤退。

新軍初戰失利，徐紹楨率軍向鎮江退卻。旋赴上海與民軍總機關及旅滬各團體接洽集議，策劃大舉進攻南京。

徐紹楨分析南京外圍地勢及清軍之布防，作了進攻南京的周密部署后，即親臨前線督戰，一舉攻克天堡城，控制了戰局，南京遂告光復。革命軍取得這一重大勝利，使長江以南全部為革命軍所有，穩定了漢口、漢陽失守后的戰局，開南北統一之基。

南京臨時政府成立后，一九一二年一月十一 日徐被任命為南京衛戍總督。

南京臨時政府曾以八厘公債十萬元巨款獎酬徐紹楨。徐提出一萬元為女子北伐結束費，一萬四千元為《民立報》補助費，其余一概繳還歸公，他還將南京的住宅獻給國家，以清廉自勵。

同年四月，袁世凱為籠絡人心，委任徐為參謀總長，徐對袁世凱的倒行逆施極為憤慨，堅辭不就，自請解除兵權赴上海就醫。

袁后又兩次電請任倉場總督，授以軍政、鹽政、稅務、外交四權，徐均斷然拒絕。九月，陸軍總長段祺瑞以徐光復金陵，功績顯赫，呈請袁世凱授以勛位，徐亦固辭不受。隨后因反對袁世凱稱帝而遭迫害，徐紹楨被迫流亡日本，隱居神戶。直至袁死后始返國。

民國六年七月，孫中山南下護法，在廣州成立軍政府，徐應孫之邀，由滬至穗，共同護法。

一九二三年二月二十三日，孫發布大元帥命令“桂軍總司令沈鴻英著將所率全部移駐肇慶，所遺北江一帶防地，著滇軍總司令楊希閔迅即派隊接防，西路討賊軍總司令劉震寰所部，著駐石門、東莞、虎門各地；東路討賊軍第四師長石春榮所部移駐羅定等地，此外各部隊，就現在地點駐扎，自經此規定后，各部軍隊非奉本大元帥命令，不得擅自移動，致滋紛擾。”

大本營成立后，孫首先致力于裁兵工作。先調查各軍實數，限于三月二十日前，將該軍營數和駐扎地點，造具軍官姓名、履歷及兵士名冊，呈報大元帥府。由大元帥派員分赴各軍駐在地，逐一點驗，倘有虛額不準再招，而老弱無槍支者，則一律裁汰。

三月二十日孫發表“裁兵之重要與處置方法。”

孫此番回粵，對外方面則力求西南各省步調一致，幾經磋商，乃與唐繼堯、劉成勛、熊成武、趙恒惕、譚延闿、劉顯世等西南領袖聯名通電，宣告對西南時局之意見。

內稱“我西南各省，決以推誠相見，共議圖存，棄前事之小嫌，開新元之結合。分災恤患，載之簡書，外間內讒，一切勿受。兵為防守，不為爭奪，雖折沖疆場，為義興師，而終不背和平主旨。其他各省有被直系蹂躪，頗同心敵愾者，文等為之敬執鞭弭，所不辭也。”

三月二十二日，孫任命趙士北為大理院長。二十六日派謝持為全權代表，執行中國國民黨本部黨務事宜。二十九日任命楊希閔為中央直轄滇軍總司令，劉震寰為中央直轄西路討賊軍總司令。

三月二十八日，沈鴻英電稱遵照大元帥命令，移防西江，設司令部于肇慶。

四月三日，孫把陸海軍大元帥府由農林試驗場遷至水泥廠。

前邊提到，孫主張先裁兵再謀全國統一的計劃，曾獲黎元洪、張紹曾、段祺瑞、張作霖、盧永祥等的贊成。

不過張紹曾認為裁兵問題必須召集全國性的軍事會議才能解決，所以他仍主張先召開“國事協議會”解決統一問題。

黎、張兩人本來打算派代表到上海與孫商討實現和平統一的具體辦法，不料民國十二年一月二十六日，廣州發生了沈鴻英的江防事變，張紹曾錯誤地估計了形勢，以為孫在南方已沒有實力，已經無足輕重，因此所派代表臨時中止出發。

一月八日張紹也曾有電給西南各省，主張和平統一，然廣東和福建接下來發生的一系列事件，與張紹曾的