山雨欲來(lái)風(fēng)滿樓，在大革命即將來(lái)臨之際，敏感的蔡元培，仿佛在黎明前的黑暗中看到了曙光。他一改五四時(shí)期自由派知識(shí)分子的姿態(tài)，積極投身到革命洪流之中。
11月初，孫傳芳在江西被國(guó)民革命軍擊敗。為配合廣東國(guó)民革命軍的北伐，推翻直系軍閥孫傳芳在蘇浙皖東南三省的統(tǒng)治，蔡元培與褚輔成、沈鈞儒、黃炎培等發(fā)起組織蘇浙皖三省聯(lián)合會(huì)，策動(dòng)三省自治運(yùn)動(dòng)。
11月14日，蘇浙皖三省聯(lián)合會(huì)在上海成立。23日，蘇浙皖三省聯(lián)合會(huì)在上海舉行第二次委員會(huì)議，蔡元培被推舉為主席。
1926年11月28日，三省聯(lián)合會(huì)與上海總工會(huì)、商會(huì)總會(huì)、學(xué)聯(lián)等各界400余社會(huì)團(tuán)體召開(kāi)“上海市民反對(duì)奉軍南下”大會(huì)，蔡元培在會(huì)上登臺(tái)演講，號(hào)召上海市民組織起“人民政府”。利用各種機(jī)會(huì)，大造社會(huì)輿論策應(yīng)北伐。
12月，國(guó)民黨中央政治會(huì)議在南昌召開(kāi)，決議于浙江設(shè)立臨時(shí)政治會(huì)議，張靜江、蔡元培、褚輔成、查良釗、沈鈞儒、朱少卿等為委員，以張靜江為主席。張未到前，由蔡元培代理。
對(duì)蔣介石的任命，蔡元培復(fù)信表示“為國(guó)為黨，義不容辭。”
12月19日，浙江宣布自治。
蔡元培等人策動(dòng)的浙江自治，遭到了孫傳芳、盧永祥等軍閥勢(shì)力的打壓和破壞。
23日，孫傳芳下令取締蘇浙皖三省聯(lián)合會(huì)，通緝蔡元培、沈鈞儒、褚輔成等70余人。
1927年1月，浙江省臨時(shí)政治會(huì)議被迫決定，轉(zhuǎn)往寧波成立省政府。蔡元培匆匆趕往寧波，籌建浙江省政府。
不久，寧波被吳佩孚的部攻占，省政府再次無(wú)法成立。于是，蔡元培和馬敘倫等乘漁船由浙江轉(zhuǎn)移福建，于1月21日抵達(dá)福州，23日到達(dá)廈門(mén)。
2月19日，北伐軍攻克杭州。第二天，蔡元培就馬不停蹄地由廈門(mén)奔赴杭州。
3月1日，浙江臨時(shí)政治會(huì)議在杭州正式成立，蔡元培任委員，并代張靜江任主席。
這個(gè)時(shí)候的蔡元培，住在杭州青年會(huì)，可以說(shuō)是忙得不亦樂(lè)乎。
姜紹謨?cè)貞浾f(shuō)求見(jiàn)蔡元培的人絡(luò)繹不絕，許多人來(lái)要求他介紹工作，他樂(lè)于接受，當(dāng)場(chǎng)就寫(xiě)介紹信，而且總是親手寫(xiě)，從不假手于人。
一天晚上，已經(jīng)十點(diǎn)多鐘了，一個(gè)青年畫(huà)家求見(jiàn)。此人帶著他的畫(huà)，請(qǐng)蔡元培介紹工作。蔡元培問(wèn)明青年畫(huà)家能畫(huà)宣傳品后，當(dāng)場(chǎng)寫(xiě)信把他介紹給白崇禧的東路軍指揮部。
北伐戰(zhàn)爭(zhēng)在人民群眾的積極支持下勢(shì)如破竹，不到半年就占據(jù)了江南大部分地區(qū)，迅速發(fā)展到了長(zhǎng)江流域。這個(gè)時(shí)候，正值國(guó)民黨和共產(chǎn)黨兩黨合作的蜜月期，兩個(gè)黨各有所長(zhǎng)，優(yōu)勢(shì)互補(bǔ)，用大家常說(shuō)的一句話是，大革命洶涌澎湃。
但是，這樣的大好形勢(shì)沒(méi)能維持多久。
1927年3月21日，張靜江自江西蔣介石行營(yíng)抵達(dá)杭州，住進(jìn)新新旅館。當(dāng)晚，蔡元培與邵元沖即往拜訪，聽(tīng)取有關(guān)蔣介石的反共清黨計(jì)劃。張靜江向他們傳達(dá)說(shuō)“介石對(duì)于與共產(chǎn)黨分離事已具決心，南京定后，即當(dāng)來(lái)寧共商應(yīng)付。”
24日，蔡元培跟隨張靜江由杭州抵達(dá)上海，與先期抵達(dá)那里的吳稚暉、李石曾、黃郛等一起籌劃反共清黨事宜。3月27日，蔡元培、吳稚暉等遷入豐林橋蔣介石總部行營(yíng)，召開(kāi)國(guó)民黨中央監(jiān)察委員會(huì)常務(wù)會(huì)議。這次會(huì)議亦被稱作“預(yù)備會(huì)”。
28日，蔡元培與吳稚暉、李石曾、張靜江、古應(yīng)芬等召開(kāi)第三次會(huì)議。蔡元培被推為會(huì)議主席。五名到會(huì)的監(jiān)察委員中，除古應(yīng)芬資歷稍淺以外，其余四人都是民國(guó)元老。
這次會(huì)議可以說(shuō)是清黨的發(fā)難會(huì)議，發(fā)難人為吳稚暉。根據(jù)會(huì)議的原始記錄，吳稚暉首先發(fā)言，報(bào)告“共黨謀叛情形”。
他說(shuō)“共產(chǎn)黨陳獨(dú)秀明
