為了更好的管理帝國，趙不二采用了陳群提出的九品中正制，添加三省六部制、科舉制，并進行了一系列的修改、完善，最終整個朝廷以吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部、商業部、科教部、財政部九部為主體行政框架，另設御史臺，柩密院以及內閣等機構輔助。

于此同時，趙不二遷都長安，并改州為省，司隸為中州省、幽州為北京省、青州為山東省、徐州為廣陵省、揚州為九江省、荊州為長沙省、交州為龍川省、冀州為真定省、并州為太原省、涼州為隴西省、豫州為汝南省、兗州為山陽省。

原扶余、高句麗、三韓地區改為高麗省；烏桓與并州東部地區的鮮卑草原定為東胡省；并州西部地區草原為西戎省；護西域都護府改為域州省，其內各族必須聽從大燕帝國的指揮和委任，但有違抗者，殺無赦！

村長為九品官職；鎮長為八品；縣令六品、縣丞與縣尉為七品；太守四品、郡都尉五品；各省設高官一名，為二品大員，高官只負責處理內政事物，不得插手軍隊，麾下各曹從事皆為五品。

九部中，吏部為管理文職官員的機關，掌品秩銓選之制，考課黜陟之方，封授策賞之典，定籍終制之法；吏部下設文選司、驗封司、司勛司和考功司。

文選司掌考文職之品級及開列、考授、揀選、升調、辦理月選；驗封司掌封爵、世職、恩蔭、難蔭、請封、捐封等事務；司勛司掌文職官員守制、終養、辦理官員之出繼、入籍、復名復姓等事；考功司掌文職官之處分及議敘，辦理京察、大計。

戶部掌全國疆土、田地、戶籍。其內部辦理政務按省設司。目前大燕帝國共十六司！

禮部掌典禮事務。考吉、嘉、軍、賓、兇五禮之用；藩屬和外國之往來事。

下設祠祭司，掌吉禮、兇禮事務；御膳司，掌筵饗廩餼牲牢事務；鑄印司，掌鑄造皇帝寶印及內外官員印信；外交司，掌接待各藩屬、外國使節及翻譯等事。及同各國的外交事宜。

科教部管理全國學校事務及科舉考試，下設科教司，管理學務、科舉考試事；文教司，管理各地太學及各地私學，各地學校開辦教學必須有文教司允許，衛生司，規劃衛生建筑，管理國內衛生與環境。

兵部掌全籍及武職官員的機構。執掌內外武職官員的除授、封蔭之典，乘載、郵傳之制，甄核、簡練之方，士籍、軍實之數。兵部下設車駕司，掌全國馬政及驛傳等事；職方司，管理全軍的薪俸，關禁與海禁；武庫司，掌全國之兵籍、軍器并武科考試之事；兵役司，掌全國各地郡兵征召，訓練及全軍的編制。（管理預備役）

商業部，管理國家貿易，商業運行政策，國家進出口商品管理等等。設平價司，監管國中貨物價格，在適當時候提出修整，確保物品價格在一定的閾值以內；商稅司，專門針對商人設定的稅務部門；產業司，管理國有企業。

刑部的內部組織機構的設置與戶部相同，按省設司；各司除分核本省刑名外，執掌他省及衙門的部分文書收發和某些日常政務。

此外，另設督捕司，掌督捕逃亡事；秋審司，掌核秋審、朝審各案；減等司，掌匯核各省及現審各案之遇赦減等事；提牢司，掌管獄卒，稽察南北所監獄的罪犯，發放囚衣、囚糧及藥物等；贓罰庫，掌收放現審案內贓款及沒收各對象，并保管本部現銀及堂印；贖罰司，掌罰罪事；律例司，掌修訂法律。

工部為管理全國工程事務的機關。執掌土木興建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寢供億之典。凡全國之土木、水利工程，機器制造工程（包括軍器、軍火、軍用器物等）。

財政部負責管理國庫錢財，稅務司，收取除商業稅以外的所有稅收；另設中央銀行，國中百姓可以將錢財存入國家府庫，不僅能獲得一定的稅率，還能確保財產的安全。