夫小尼基弗魯斯對他妻子的陰謀毫無興趣，所以安娜企圖扶植他丈夫登基的陰謀也隨之破滅。安娜的所有財產都被查抄，皇帝希望將她的財產都送給他的好友約翰·阿克蘇赫。但阿克蘇赫明智地拒絕了，最終在阿克蘇赫的影響下約翰和姐姐達成某種程度的和解并且她的財產也被返還。太后伊琳娜被遣送到了修道院，安娜似乎也退出了政治生活，她深居簡出地成為了一位歷史學家。然而她的丈夫小尼基弗魯斯卻被皇帝委以重任。為了維護他自己的權力延續，約翰于1122年將他年輕的兒子阿萊克修斯加冕為共治皇帝。

內政

家族內興起的反對約翰登基的陰謀活動，影響了約翰的統治方式-他任用王族外的人擔任官職以幫助治理帝國，這一點與其父將王室成員與大部分軍政要職相聯系的方式顯著不同。

約翰·阿克蘇赫是約翰二世惟一的摯友，也是皇帝最親近的顧問。他本是一個突厥人，尼西亞城破后還是孩子的他便被俘并被作為禮物獻給了約翰的父親阿萊克修斯一世。阿萊克修斯皇帝認為阿圖什將是他兒子的一位好伙伴，所以阿圖什得以與皇子一同在帝國宮廷中成長。約翰二世即位后阿克蘇赫立即就被任命為大統領megas&ns(Greek:μ??γα??δομ??στικο??)即為拜占庭軍隊的總司令。曼努埃爾一世統治早期，還成為了帝國內政的首席管理者并掌管“國璽“。這個非正式的職位就像當時的mesazon(調解人)也相當于維齊爾或現代的首相。這次委任是標志性的，徹底背離了阿萊克修斯一世時任人唯親的方針。皇室成員們隱藏了他們對這個決定的怨恨，當雙方會面的時候，他們被迫對阿圖什表示敬意。

皇帝完全信任他所任命的官員，他們往往因自己的能力被選拔而不是與皇室家族和貴族宗族的聯系。直到他的統治結束，他也不希望皇室成員干涉政治事務。約翰還指定了許多他父親以前的仆從擔任高官如:Eustathios&ns。在阿萊克修斯一世統治晚期、約翰的母親處于支配地位的那段時間里，這些人都在政治上受到排擠。約翰二世也培養了許多優秀的人才其中包括Gregory&nnites，Manuel Anemas&nre Vatatzes。他們的后兩位還成為了約翰的義子。

盡管約翰二世失去了對皇親國戚們的依賴與信任，但他的政府也與其父父親依然有許多的相似之處，例如對宗教的虔誠與嚴肅的政治基調。其實，一些阿萊克修斯對于政務上的建議還被以詩歌的形式被收集起來并被稱作Mousai。這本書是為了告誡約翰而寫的書中勸誡他在治國上首要的是維護公平正義并保持財政上的充足。即使在老皇帝去世之后，他的執政建議也能因此繼續影響他的兒子。

約翰的軍事行動使得安娜托利亞西部的軍事實力與經濟得到了穩定的恢復，這使他可以開始對這些地區設立普羅尼亞制度了(provincia)。行政中心在非拉鐵非城的色雷斯松軍區被重新建立。在色雷斯松(Thrakesion)以南一個名為Msa&nn 的軍區也被建立。

外交手腕

約翰二世對西方外交政策的核心就是與神圣羅馬帝國皇帝結盟。這一政策是很有必要的，因為可以減少南意大利的諾曼人對帝國巴爾干領土所造成的威脅。在西西里的羅杰二世稱王并在南意大利獲得了至高無上的地位，并建立了一支強大的海軍之后，這一威脅變得尤其嚴重了。為了報答神羅皇帝洛泰爾三世在1136年入侵諾曼人的領地并向南一直推進到巴里，他獲得了拜占庭的回報，其中包括一份巨大的酬金。由于教宗英諾森二世與教會在意大利的領地受到了支持對立教宗Anacletus II的羅杰二世的威脅，所以他也加入了約翰與洛泰爾的聯盟。然而事實上該同盟難以抗衡