首先從柯南表小的那一刻開始，柯南的所有時(shí)間線就都混亂了，所以柯南變小的這一刻開始就設(shè)定為柯南元年。

柯南元年，19年前宮野艾蓮娜與丈夫一起加入黑衣組織隸屬的實(shí)驗(yàn)室開發(fā)a藥。

柯南元年的17年前，羽田浩司案發(fā)生。

同年，赤井務(wù)武失蹤。

同年柯南等一眾主角出生。

柯南元年10年前，赤井一家人在海灘上遇到了工藤新一。

柯南元年7年前22歲的萩原研二殉職，這里增山遠(yuǎn)改變了劇情，直接抓住了炸彈犯救下了研二，研二沒(méi)死松田也就不會(huì)在柯南元年的3年前去到搜查一課，也就不會(huì)死了。

柯南元年5年前，赤井秀一為了秘密調(diào)查黑衣組織化名“諸星大”，佯裝被組織成員宮野明美駕駛的汽車撞傷，與明美相識(shí)后與之交往，利用這層人際關(guān)系認(rèn)識(shí)了她的妹妹——組織中擁有頂尖頭腦的科學(xué)家宮野志保，成功打入組織內(nèi)部。

柯南元年4年前，諸伏景光和世良真純?cè)谲囌菊九_(tái)相遇，同年在組織殉職。

柯南元年2年前，fbi開展秘密逮捕琴酒行動(dòng)，因?yàn)榘驳吕住たㄟ~爾的失誤，導(dǎo)致行動(dòng)失敗，赤井的臥底身隨之暴露，逃出組織回到美國(guó)。

柯南變小以后的時(shí)間線就沒(méi)這么清楚了，只能從漫畫里黑衣組織出現(xiàn)的情節(jié)來(lái)判定，這里就不考慮動(dòng)畫的魔改了。

變小以后，柯南第一次和黑衣組織接觸是在列車上，這次柯南得知了琴酒和伏特加的代號(hào)，然后是遇到了龍舌蘭，然后是十億日元劫案，然后是宮野志保變成灰原哀，然后是皮斯科的劇情，然后就進(jìn)入了滿月篇（貝爾摩德變成新出醫(yī)生以后都算滿月篇）后續(xù)就不說(shuō)了，大家應(yīng)該都知道了。

最后是主角的時(shí)間線，主角和安室透這些警校五人組同齡，比赤井秀一小三歲。

柯南元年11年前，笛口晟為了滿足自己欲望開始綁架幼女。

10年前，主角的姐姐被當(dāng)做替罪羊抓了起來(lái)。

隨后主角考入警校，在畢業(yè)后考取了公務(wù)員。

柯南元年7年前，主角22歲的時(shí)候進(jìn)入了公安，并救下了研二，救下研二的劇情只是點(diǎn)了一下，關(guān)系到后面一個(gè)伏筆，沒(méi)有細(xì)寫。

柯南元年3年前，主角26歲升任警視，成為了警備二課的最大領(lǐng)導(dǎo)，同年花間宮子入職。

幾個(gè)月后，柯南元年2年8，9月的時(shí)候，主角去了群馬縣調(diào)查池田松。

柯南元年1年前，主角抓到了池田松，回到東京，開了寵物店，劇情正式開始。