在統(tǒng)治熱那亞時(shí)期，多里亞以貴族的視角對憲法進(jìn)行了改革，消除了困擾共和國數(shù)世紀(jì)的派系，建立了一個(gè)由城市主要貴族家庭組成的新寡頭政府，形成了28個(gè)“阿爾貝爾吉”（Alberghi）或“家族”。

這些新興統(tǒng)治階級的28個(gè)阿爾貝爾吉包括了西波家族（Cybo）、多里亞家族（Doria）、菲斯基家族（Fieschi）、朱斯提尼亞尼家族（Giustiniani）、格里馬爾迪家族（Grivicino）和斯皮諾拉家族（Spinola）等。

他拒絕了擔(dān)任熱那亞領(lǐng)主甚至公爵的提議，但接受了“永久審查官”的職位，直到去世都在共和國的理事會(huì)中發(fā)揮著重要影響。

在這個(gè)背景下，“審查官”的稱號源于古羅馬的意義，即一位備受尊敬的高級公職人員，而非現(xiàn)代意義上與審查相關(guān)的含義。

他獲得了兩座宮殿、許多特權(quán)，以及“解放者與祖國之父”（Liberator et Pater Patriae）的稱號。

他定居在位于法索洛（Fassolo）的一座新修復(fù)的別墅內(nèi)，該別墅是文藝復(fù)興時(shí)期的杰作，名為“王子別墅”（Villa del Principe），位于現(xiàn)已拆除的圣托馬索門（Porta di San Tomaso）外，直到去世一直居住在那里。

為了保護(hù)恢復(fù)后的共和國免受未來外敵的攻擊，安德烈亞·多里亞贊助了新城墻的建設(shè)。

這座城墻于16世紀(jì)30年代建成，由軍事工程師喬萬尼·瑪麗亞·奧爾賈提（Giovanni Maria Olgiati）設(shè)計(jì)。

新城墻實(shí)際上沿襲了14世紀(jì)舊墻的路徑，但將舊有的方形塔樓和墻體替換為新的幕墻和三角形堡壘。

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多里亞再次開始專注對付奧斯曼帝國和巴巴里海盜。

1529年，西班牙艦長羅德里戈·德·波圖多（Rodrigo de Portundo）被海雷丁·巴巴羅薩的副手艾丁（Aydin）和薩利赫（Salih）擊敗。

多里亞雇傭了法國雇傭軍，發(fā)動(dòng)了對巴巴羅薩保護(hù)下的謝爾謝爾（Cherchell）的攻擊，洗劫了該港口并解放了許多基督教囚犯，由于雇傭軍紀(jì)律渙散，當(dāng)他的艦隊(duì)在土耳其人到來之前不得不啟航時(shí)，他最終拋棄了他們，任其自生自滅。

1532年9月，針對四月土耳其入侵匈牙利的情況，多里亞帶領(lǐng)一支由西班牙和熱那亞組成的艦隊(duì)，出動(dòng)48艘戰(zhàn)艦和35艘其他船只，攻擊了愛琴海的奧斯曼陣地。

他抵達(dá)達(dá)達(dá)尼爾海峽和伯羅奔尼撒半島，奪取了科羅內(nèi)（Corone）和帕特雷（Patras）。

次年，奧斯曼帝國試圖通過呂特菲帕夏（Lütfi Pasha）指揮的龐大艦隊(duì)收復(fù)科羅內(nèi)，但多里亞以巧妙的戰(zhàn)術(shù)將其擊敗，在無風(fēng)的情況下通過用他的戰(zhàn)艦拖拽船只來機(jī)動(dòng)應(yīng)對土耳其艦隊(duì)。

愛德蒙·于連·德·拉·格拉維耶（Edmond Jurien de La Gravière）將他在戰(zhàn)斗中的戰(zhàn)術(shù)稱為16世紀(jì)最巧妙的海上作戰(zhàn)之一。

巴巴羅薩則從阿爾及爾和突尼斯發(fā)起了自己的攻勢，他的猶太副手西南·雷斯（Sinan Reis）給予了支持。

1535年，查理五世號召征服突尼斯，多里亞與另一位新興的海軍指揮官阿爾瓦羅·德·巴贊（álvaro de Bazán the Elder）共同分享海軍指揮權(quán)。

艦隊(duì)成功占領(lǐng)了突尼斯，但巴巴羅薩成功逃脫。

查理意圖繼續(xù)進(jìn)攻阿爾及爾，但天氣卻阻礙了行動(dòng)。

次年，巴巴羅薩偽裝27艘戰(zhàn)艦為西班牙船只，