并傳令免去在京升任授官的面謝禮，此后明神宗朱翊鈞，視朝次數越來越少！

3月16日因云南承宣布政使司永昌軍民府一帶，之前招募了川、楚、粵，三處亡命之徒為兵，分立在騰沖衛、姚安中屯守御千戶所兩營。

以明大理府副總兵劉綎，統領騰沖衛軍營，明楚雄府副總兵鄧子龍，統領姚安中屯守御千戶所軍營。

由于結果兩營主帥持功驕傲不服對方，再加上管理范圍有沖突，導致兩營發生斗毆事件，地方官員上報朝廷明神宗又因二將皆有功而視之不見。

僅僅只是把劉副總兵調走，換了明永昌軍民府副總兵劉天俸，上任他本人屬于地方土司血統再加上性格暴躁，經常放縱士兵欺負百姓被抓。

于是就讓明楚雄府副總兵鄧子龍，來兼管兩營，但明楚雄府副總兵卻偏袒自己的老部下姚安中屯守御千戶所軍營，苦的累的活都讓騰沖衛軍營來做。

吃飯的時候姚安中屯守御千戶所軍營的膳食，更是騰沖衛軍營的兩倍，結果導致姚安中屯守御千戶所軍營養成了驕奢的習慣，因索要軍餉不成而造反，叛軍畢竟是職業軍人，所以戰斗力極其強大。

他們在教場上面樹起大旗，殺掠居民，搶奪馬匹，聲稱要賞銀，并聚眾一路往西殺入永昌軍民府永平縣因城門盡閉不得入，再加上大理府大羅衛、洱海衛，兩處明軍追擊而來，迫使叛軍轉入大理府太和縣，沿途剽掠軍民。

消息很快就引得明黔國公兼太子太保沐昌祚，明云南巡撫兼都察院右僉都御史蕭彥，一起督兵夾擊斬殺八十四人，俘獲六百八十人，叛軍不得已詐降，敗逃云南府安寧州、武定軍民府、姚安軍民總管府。

4月初7日廣東承宣布政使司南雄府始興縣僧人李圓朗，在朔源村下洞水寶慶庵內造妖書，煽動人心，言有易死還生，先天演禽及剪紙為人馬之術。

夜間則飛動并飛劫殺人諸秘法，詭稱韶州府翁源縣人王子龍，為齊沖天將軍兼金統帝黃巢，之后，有金統帝遺產十二窯，愿從者可瓜分之。

又稱王子龍乃彌勒降生，子丑年天有大災，鬼將食人，捐資自投者給米符可免。

就這樣經過一番輿論準備之后，妖僧李圓朗，就與王子龍聚集南雄府始興縣、韶州府翁源縣兩地白蓮教徒數百人，開始發動武裝造反，并分兵到處殺害富商祭旗鳴金，又出兵攻打南雄府附近縣城，聲勢甚大。

受到了廣東承宣布政使司南雄府官員重視，集結好鄉兵進行鎮壓，王子龍被抓斬首，妖僧李圓朗則在4月初9日，被明督察院右都御史兼南贛巡撫秦耀，俘虜五馬分尸。

4月20日，明兵部尚書趙煥，根據明都察院左僉都御史兼福建巡撫周寀，的建議以福建承宣布政使司漳州府沿海居民販海通倭寇為由，規定東、西二洋，各派船只四十四艘，不得超過限額。

6月初6日，北直隸河間府滄州、靜海縣、吳橋縣，一帶運河地區刮起大風，漕船互擊淹溺二十三人，失去漕米三千一百五十七石。

同時明云南巡撫蕭彥，調集云南都指揮使司的滇軍以及土司兵，對叛軍進行圍剿，于6月11日徹底平定，明楚雄府副總兵鄧子龍，也因此被調去廣西承宣布政使司。

9月17日明建州左衛軍民指揮使愛新覺羅·努爾哈赤，在解決了建州女真棟鄂部問題之后，因有棟鄂部首領棟鄂·何和禮，前來率部投降，再加上建州女真蘇完部首領瓜爾佳·索爾果、建州女真雅爾古部首領佟佳·扈爾漢，均率部來降使得建州左衛軍民指揮使司兵力大增。

當即決定厚待來投諸部女真首領，對蘇完部首領瓜爾佳·索爾果，長子瓜爾佳·費英東，授封為「一等大臣」在把臺吉愛新覺羅·褚英，長女愛新覺羅·東果，許配給棟鄂部首領棟鄂·何和禮，在收雅爾古部首領佟佳·扈爾漢，為養子賜姓〈覺羅