最終朝廷議定將楊應龍革職，由其長子明播州宣慰使司同知楊朝棟，代理職務，暫時羈押其次子明播州宣慰使司都事楊可棟，為人質，等楊應龍如數繳納罰款再行釋放。

8月初2日，明建州左衛軍民鎮撫使愛新覺羅·舒爾哈齊，首次帶領建州女真左衛使團前往京城朝貢。

這次回來經歷讓他大開眼界，看著中原地區的繁華景象，在想想建州左衛軍民指揮使司的蠻荒部落地區，讓他開始對自己屈居在兄長的屬下地位感到不滿，他希望有朝一日能夠當上建州女真左衛軍民指揮使。

他還對中原先進的農耕文明和漢文化產生了濃厚興趣。

為此還特意在京城訂制了一件漢服，并且親自穿著漢服入朝覲見大明天子，朝中的文武百官們見狀，紛紛夸贊這是建州女真八部里面最有漢文化之人了，穿著冕服的明神宗朱翊鈞，也很賞識明建州左衛軍民鎮撫使，賜了許多金銀珠寶給建州女真左衛朝貢使。

另外明禮科給事中楊天民、明都察院四川道監察御史牛應元，曾奏“建文年號，不宜革除，值會纂修國史之時，當更正洪武三十二年至洪武三十五年年號，以復建文元年、二、三、四，的四年之舊。”

禮部議從其議，明神宗亦表示同意，于9月16日詔以建文朝附國史《太祖本紀》末，復其年號。

10月17日，兵部考選軍政，明神宗下令說“其中有許多副千戶，未經奏請即署秩正四品官職（衛指揮僉事）？”

于是，下令嚴厲責備大臣們徇私、兵科不檢舉揭發，又責備五城御史抄太監客用家時不稱旨，責備客用的財產私藏于明崇信伯費甲金，家而刑部拷訊無實。

最后又移怒于南北兩京六科、監察道御史官，責其失職，閉口不言。

為此先后將兩京中的；兵部武選清吏司郎中、兵部給事中、兵部員外郎、兵部主事、十三道監察御史等文臣武將，三十余人盡罷斥為民，數十人或被降為雜職，或被貶級調外、發配邊疆，或仃支俸一年。

明內閣首輔趙志皋、明東閣大學士陳于陛、明吏部尚書沈一貫，及九卿各自上疏救援，明兵部尚書石星，還請自己罷職以寬被害諸臣，但明神宗皆不聽。

反而還惹得明神宗嚴治諸臣的圣旨頻煩下達，舉朝無不震驚，史稱「軍政之獄」。

11月10日，被留在四川承宣布政使司重慶府的明播州宣慰使司都事楊可棟，突然病死在明軍監視中。

消息很快就傳開來，楊應龍得知自己二子死去的消息，就懷疑是大明官員毒害的？他當即拒絕繳贖金，實際上朝廷東部戰線未穩定不可能在挑起爭端，為此又激起了朝廷的猜忌。

但沉浸在喪子之痛中的楊應龍，卻未必會這樣認為。

他要求地方官歸還次子楊可棟，的遺體，而官方以尚未完成勘報為由拒絕，并敦促播州宣慰使司繼續繳納贖罪金。

這使得楊應龍大怒，直接丟下一句“假如吾的兒子復活，銀子就能送來。”

隨后就率部驅使一千多名僧侶，舉行招魂儀式，馳返播州宣慰使司，他認為這樣可以把次子的靈魂帶回故鄉。

明萬歷二十四年公元1596年6月24日，明府軍前衛副千戶仲春，疏請開銀礦，以助重建坤寧宮、乾清宮，兩大殿費用。

明神宗得知后馬上降旨，命戶部和北鎮撫司錦衣衛隊各派一人同明府軍前衛副千戶一起開采，其中明戶科給事中程紹、明工科給事中楊應文，各上疏諫阻，可明神宗根本不聽。

于是明戶科給事中上奏說道“自嘉靖二十七年七月命采礦，至嘉靖三十六年十二月的盡十年間，先后委官四十余人，派防兵一千一百八十人，俸糧、器械、鉛、炭，所費計銀三萬余兩，而開礦所得只有銀二萬八千五百余兩，得不償失！”

然而自從明府軍前衛