在倭寇逃遁歸國后，除了明御倭副總兵劉綎，收留了5百倭軍編入本部火銃隊之外，其余留在李氏朝鮮王國的倭軍要么被殺、要么投降明軍加入隊伍。

而東征的大明軍隊本應無戰事之后撤回國，但是李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君李昿，唯恐倭奴積威，再度報復？

于是上奏朝廷表示要苦留大明軍隊善后，朝廷經過商議決定留明都察院右副都御史兼朝鮮經略萬世德，與明義州衛鎮撫使李亟勛，率三千士兵繼續駐守李氏朝鮮王國，其余明軍全部調回大明帝國。

12月20日，在大明帝國南方，明四川巡撫兼都察院左僉都御史譚希思，正在重慶府綦江縣、瀘州合江縣，一帶設防攔截楊氏叛軍，分別在合江縣與綦江縣各置游擊將軍一員，合江縣募兵一千二百人扼守岡門，綦江縣募兵二千人，扼守安穩。

怎奈前任明播州宣慰使楊應龍，直接下令讓明下赤水里長官袁鰲，繞開守衛明軍，兵臨合江縣城下，抓捕出賣楊氏投降明軍的前任明下赤水里長官袁子升，處于凌遲之刑。

此事引起了上下赤水里土司袁氏宗族的反對，要求前任明播州宣慰使撤掉袁鰲之位，改由袁子升長子袁年，繼任下赤水里長官。

剛剛即位的明下赤水里長官袁年，對于自己的殺父仇人近在咫尺卻不能報仇，因為有楊宣慰使的包庇，故此明下赤水里長官密切聯系著上下赤水里相近的仁懷里王氏土司，打算監視播州宣慰使司的一舉一動。

接著又命令士兵前去攻打，之前彈劾自己的明草塘安撫使宋世臣，父親宋鑾，以及明黃平安撫使羅承恩，等人，現藏在偏橋衛城內。

于是播州叛軍就襲擊了偏橋衛，還向明偏橋衛指揮使陳天寵，索要城中之人，得到宋鑾、羅承恩及其下子女，慘遭殺害。

在令諸苗士兵當著父親之面奸淫 女兒，或者當著夫君之面淫 妻，或坐在木叢中射箭取樂。又或者燒蛇入陰轉腹，人蛇俱死！還掘墳墓焚尸。

12月28日，明建州左衛軍民指揮使愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）提前第五次來到京城朝貢大明天子，討要文武百官以麻痹朝廷與遼東都指揮使司的懷疑，方便下次繼續攻打其余女真各部。

明萬歷二十七年公元1599年2月初7日，明貴州巡撫兼都察院右僉都御史江東之，下令明永寧衛都司楊國柱，明永寧衛指揮使李廷棟，率兵三千剿播州宣慰使司。

叛賊首領楊應龍，派遣長子楊朝棟、弟弟楊兆龍、叛賊大將何漢良，等迎敵設伏于飛練堡。

明軍一鼓作氣殲滅三百叛軍，結果叛軍佯裝敗走天邦囤，誘導明軍進入包圍圈殲之，被俘后明永寧衛都司楊國柱，與明永寧衛經歷使潘汝資，罵賊不屈被處死。

2月21日，海西女真哈達部發生內訌，葉赫女真部東城貝勒納拉·納林布祿，趁機劫掠哈達女真部。

這讓哈達女真部貝勒納拉·猛骨孛羅，緊急向明建州左衛軍民指揮使愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）求援，并表示愿將三個兒子送到建州女真八部作為人質，只請求建州女真三衛出兵擊退葉赫女真部。

明建州左衛軍民指揮使認為此乃天賜良機，便立即同意出兵。

而葉赫女真部西城貝勒納拉·布揚古，得知此消息后，又馬上給哈達女真部貝勒寫了一封信，表示愿將妹妹葉赫女真部東城格格納拉·布喜婭瑪拉（漢名東哥）嫁哈達女真部貝勒，只要他抓住明建州左衛軍民指揮使就行。

哈達女真部貝勒聽到自己能娶葉赫女真部東城格格的消息后，他立即改變了主意，設計抓捕明建州左衛軍民指揮使。

然而明建州左衛軍民指揮使聞訊后再發重怒，當即發兵討伐哈達女真部，很快哈達女真部城門就被攻破了，哈達女真部貝勒被擒。

但卻沒殺他，而是獲赦，暫