總兵已占據(jù)播州宣慰使司天險之地；龍爪屯、海云屯、海龍屯，與各路明軍合圍，又破大城縣，各路明將都聚集攻擊海龍屯前陣。

唯獨(dú)明貴州宣慰使兼貴州布政司左參議、懷遠(yuǎn)將軍、定遠(yuǎn)侯安疆臣，在后方攻擊，戰(zhàn)局了四十多天相持不下。

其中貴州宣慰使司部眾還接受播州宣慰使司叛軍的重禮賄賂，偷偷地把明軍火器輜重送給叛軍。

此事被明湖廣總鎮(zhèn)總兵知曉后，當(dāng)即就勒令明貴州宣慰使后撤三十里，湖廣明軍也轉(zhuǎn)移到別處，并在距離海龍屯一丈多遠(yuǎn)的地方安置了一百多個鐵牌，使叛軍強(qiáng)勁的弓箭失去了作用。

還用竹子削成箭板安放在柵欄前面，使得叛軍每天晚上出來作亂，都被竹箭板釘傷，于是不敢外出。

叛軍首領(lǐng)楊應(yīng)龍，也意識到了這種山窮水盡的地步，他和部下在一起哭泣，明湖廣川貴總督則當(dāng)即下令，讓各路將領(lǐng)分開時間輪番進(jìn)攻。

6月初5日，叛賊首領(lǐng)長子楊朝棟，等一百余人為明軍俘獲，部眾二萬余人被殲滅。

6月初6日，明湖廣總鎮(zhèn)總兵陳璘，明廣東總鎮(zhèn)總兵吳廣，等將領(lǐng)一起進(jìn)入海龍屯，明湖廣總鎮(zhèn)總兵在晚上四更時分讓士兵含竹木片上山，趁匪徒熟睡之際，殺死守關(guān)的匪徒，樹起白旗，鳴放大炮，匪徒驚慌逃竄。

關(guān)鍵時刻叛賊首領(lǐng)楊應(yīng)龍，不愿意被俘，便與妻妾一起相繼自殺，至此〖播州之亂〗被平定，此戰(zhàn)前后花費(fèi)白銀；二、三百萬兩，將士們死傷不計其數(shù)，到此聞名東方的「萬歷三大征」正式結(jié)束。

隨即明軍調(diào)轉(zhuǎn)兵峰直撲黎平府反賊。

10月13日，天皇上將吳國佐，在黎平府兵敗被俘，斬其部眾五百八十余人。

11月初2日，南北兩京直隸以及各地承宣布政使司災(zāi)害嚴(yán)重，又苦增礦稅，兵民多起為盜，因而有浙江承宣布政使司百姓趙一平，以妖術(shù)倡亂。

還大肆宣揚(yáng)至南直隸徐州，遇到同黨孟化鯨，等人聯(lián)合起來招集眾人，自稱是；宋皇朝后裔，建立官署，擬于明年二月約集各方人馬同時起事。

怎奈被南直隸南鎮(zhèn)撫司錦衣衛(wèi)隊(duì)察覺，事情敗露，趙一平被殺，其余同黨未及起事而失敗。

12月初3日，叛賊吳國佐，被貴州承宣布政使司衙門處以斬立決伏誅，明軍又獻(xiàn)俘叛軍首領(lǐng)楊應(yīng)龍，至京師由明神宗朱翊鈞，下令碎尸萬段，并斬叛軍首領(lǐng)長子楊朝棟，及其家族黨羽于京畿外城宣武門菜市口。

次年4月初6日，分四川承宣布政使司播州宣慰使司之地為遵義軍民府首府威遠(yuǎn)衛(wèi)，其治下為遵義縣，另外還分一半領(lǐng)土劃給了貴州承宣布政使司平越軍民府，并改土官為流官，既；派遣漢人官員充任地方原本的土司家族職位，史稱「改土歸流」。

12月初5日，泰西國（意大利人）歐洲耶穌會傳教士利瑪竇，泛海八萬里，來到東方亞洲大陸上的大明帝國，先后在廣東承宣布政使司廣州府、肇慶府、韶州府、南雄府，江西承宣布政使司南昌府、南直隸蘇州府等地進(jìn)行傳教活動，并學(xué)習(xí) 大明江淮官話。

還廣泛與大明地方官吏和士大夫接觸，以了解大明帝國的國情和風(fēng)俗禮儀。

之后由南直隸北上，在京畿北直隸天津衛(wèi)居住了六個月，明天津衛(wèi)稅監(jiān)馬堂，向朝廷進(jìn)貢泰西傳教士利瑪竇，所獻(xiàn)方物，還奏報泰西傳教士請求入京的消息。

誰知被大明禮部以《大明會典》不載大西洋，真?zhèn)尾豢芍恳约疤┪鱾鹘淌克I(xiàn)之物不宜入宮中，請賜給冠帶令其回國，不許在南北兩京居住，務(wù)與大明漢人交往，別生事端。

然而明神宗卻不納，認(rèn)為有趣特下詔準(zhǔn)許泰西傳教士入京。

明萬歷二十九年公元1601年正月初5日，遼東都指揮使司關(guān)外明建州左衛(wèi)軍民指揮使愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）親率199位使臣帶著