使得楚藩宗室懷恨趙巡撫治獄不公，故意庇護楚親王殿下。

9月24日，楚藩宗室們集結了數百人，各自持刀闖入湖廣總鎮巡撫衙門內，當場殺死趙巡撫，一時間人心洶涌，官員紛紛逃避，惟獨明湖廣布政司右參政薛三才，與明湖廣提刑按察使李燾，堅守崗位。

再由明湖廣總鎮巡按吳楷，向朝廷宣告楚藩宗室叛變消息。?

事后明神宗急命南鎮撫司錦衣衛提騎逮捕諸楚藩宗室，共有七十三人坐獄問罪，成為當時轟動遠近的大案。

同時將為首的楚藩宗室朱蘊鈐、朱蘊鍧，處斬，賜朱華堆等三人自盡，朱華嫶等二十三人禁錮獄中，朱蘊鈁等二十二人革職閑住，朱蘊鎏等十八人降爵革祿，并停其待封者。

明萬歷三十三年公元1605年，尼德蘭王國（荷蘭）何屬東印度公司入侵大明帝國福建承宣布政使司臺灣府澎湖巡檢司，并伐木建房還派大明商人李錦、郭震，向地方官上報大明天子準備通商的消息。

當即被拒絕，明福建總鎮巡撫兼都察院右僉都御史徐學聚，下令禁止漁民下海，斷了尼德蘭人經濟，導致尼德蘭人被迫撤走，之后又反攻臺灣府奪取了澎湖巡檢司開始設防。

4月27日，明神宗命明通政司右通政陳子貞，等十二人為正使、明中書舍人莊元臣，等十二人為副使，冊封周王系宗人朱在錝，為奉新郡王、朱勤煘，為義陽郡王、朱在壑，為安吉康和郡王。

冊封益王系宗人朱由棅，為安仁郡王，冊封榮王系宗人朱載珁，為貴溪郡王，冊封魯王系宗人朱壽锳，為東原郡王、朱以浩，為安丘郡王、朱壽碒，為鄒平郡王。

冊封楚王系宗人朱盛浮，為通城郡王，冊封蜀王系宗人朱奉??，為南川郡王，冊封沈王系宗人朱效鑍，為保定郡王、朱效鋞，為沁水郡王。

冊封秦王系宗人朱誼侃，為永壽康裕郡王，冊封晉王系宗人朱敏淴，為河東郡王，冊封遼王系宗人朱術??，為蘄水郡王。

此時陜西行都指揮使司的明軍警報響起，邊界已經有5年沒打仗了，由漠南蒙古土默特部首領銀定，和漠南蒙古西土默特部首領歹成，一起發兵攻打大明帝國陜西行都指揮使司鎮番衛被明陜西總鎮總兵兼陜西都指揮僉事柴國柱，打敗退去。

9月25日申時，京師發生小規模地震，自東北向西南行，連震二次。

此時京軍三大營官軍前往京師內城盔甲廠領取盔甲火 藥，而監放火 藥的明兵仗局掌印太監臧朝、明提督軍器庫太監王才，因壇內舊火 藥已結成硬塊，不便分發！

就命令工匠用鐵斧劈開，結果造成爆炸，聲若雷霆，火槍、火箭進射百步之外，燒死明兵仗局掌印太監以及明五軍營把總傅鐘，等十人、明神機營把司李仲保，等八十三人。

其局內工匠人等并街市經過居民死傷者多不可稽，焚毀明時坊五處！

11月14日，明皇太子才人王瑤英，成功誕下明皇長孫朱由校，但其地位卻依舊不受待見！

12月初1日，自萬歷二十四年設礦監稅使以來，廷臣們上疏諫阻者不下百余次，但明神宗俱不聽，以致于礦監稅使四出，大肆虐民，流毒全國，結果是民窮財竭，各地騷動暴亂。

而萬歷二十五年至萬歷三十三年近十年間，各礦監所進礦銀不足三百萬兩，至于不計其數的金珠、寶玩、貂皮、名馬則俱為大明天子所有。

導致內閣大臣們再次極論礦稅害民狀，又言“開礦破壞天下名山大川，盡傷靈氣，恐對陛下身體大為不利，只有急停開礦，靈氣才能恢復。”

為此明神宗于12月初2日，下詔罷天下礦稅，以稅務歸有司，以歲輸所入的一半歸于內府，另一半歸戶、工二部，時稱“停礦分稅”。

然而礦監稅使們卻并沒有撤回來，其害一直延續到明神宗病死，方告