鎮撫司錦衣衛提騎逮問王邦才、李獲陽，因此激起了邊民們的大嘩。

由此明薊遼總督蹇達，立即上書揭露了明遼東礦監稅使的反間計罪狀，明神宗得知后始命高淮回京，而以明通灣稅監張曄，兼領其事。

6月19日，年老體邁82歲米壽之年的前任明遼東總鎮總兵兼寧遠伯李成梁，致仕正式下崗，由明薊州總鎮總兵杜松，代替其職。

6月26日，李氏朝鮮光海君以權署國事的名義，派遣了李氏朝鮮禮曹參議李好閔，等使臣趕赴大明帝國求賜封。

但大明禮部與明神宗卻堅持認為李氏朝鮮光海君的合法性不足，要派遣官員去李氏朝鮮王國調查，可李氏朝鮮禮曹參議則辯解稱；先王長子李氏朝鮮臨海君李珒，已中風，無法繼承王位！

于是大明禮部又要求李氏臨海君讓賢的奏文，果然明神宗隨后就派遣了明遼東都指揮同知嚴一魁、明自在州知州萬愛民，進入李氏朝鮮王國展開調查。

這兩個官僚非常愛錢，為此李氏朝鮮光海君便準備了數萬兩白銀賄賂他們，同時讓他的表叔李氏朝鮮刑曹參判金禮直，強迫李氏朝鮮臨海君向大明欽差們回答預定的內容。

明遼東都指揮同知等按套路到喬桐驛，向李氏朝鮮臨海君問話，待完成使命后便返回大明，回奏朝廷稱；李氏朝鮮臨海君果真有病不能繼承王位。

8月初9日，因云南都指揮使司滇軍與地方土司兵聯合圍攻之下，叛賊首領鄭舉、叛賊偽武定府知府阿克，兩人兵敗被俘送至京師問罪。

同時朝廷還以失武定府印璽罪為由，逮捕了明云南巡撫陳用賓、明云南總鎮總兵兼黔國公沐叡，下大理寺獄論死，實乃可悲之事！

12月11日，兀良哈部朵顏衛進犯大明帝國北直隸順天府薊州，大肆劫掠軍民住宅區，明薊州左參將馬棟，不能低御。

還在大明禁衛騎兵以及薊州衛、營州右屯衛、營州后屯衛、興州左屯衛，援軍所至，居民們望見天空中明軍交戰時火器打出來的火光，以為是敵軍將至？紛紛大驚各自逃入京城，每日多達數萬人，致使京師內外城九門盡閉，帝都開始戒嚴。

而明兵部尚書李化龍，請以白銀三十萬兩填補薊州鎮缺餉，并修軍械器具，戶部則以國庫告乏，請暫借內務庫礦稅銀，定期補還。

明神宗不許借用內務庫銀，而命發太仆寺馬價銀十萬兩、戶部銀十萬兩，才讓薊州衛以及薊州鎮軍心稍定。

此刻朵顏衛見明軍有備而來，且久攻不下損失慘重，大多數朵顏軍被明軍火器打傷，便開始撤兵但明軍追擊時還趁勢殺了襖兒都指揮使司漠南蒙古河套部151人，讓漠南蒙古河套部首領拱菟，懷恨再心伺機復仇。

12月18日，明建州左衛軍民指揮使愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）首先是責令三弟明建州右衛軍民指揮使愛新覺羅·舒爾哈齊，放棄自立為王的念頭，重新歸附到建州女真三衛麾下，但被拒絕了。

在勸說無效的情況下，他決定斷然采取了強硬措施。

在明萬歷三十七年公元1609年3月初7日，明建州右衛軍民指揮使的兩個兒子（長子愛新覺羅·阿爾通阿、三子愛新覺羅·扎薩克圖）兩人均被明建州左衛軍民指揮使派兵誅殺，包括明建州右衛軍民總旗納拉·武爾坤，也被處死。

但明建州左衛軍民指揮使的余怒還未消，仍打算將他的次子愛新覺羅·阿敏，處死，只是在自己的第八子愛新覺羅·紅歹是（愛新覺羅·皇太極）等人的極力求情下，才逃過一劫免于一死，不過他的一半家產被沒收。

面對兄長咄咄逼人的姿態，明建州右衛軍民指揮使開始復仇出發，誰知戰敗！失去了繼續抗爭的勇氣。

他知道自己的實力遠遠不如兄長，而且他所指望的靠山，駐扎在遼東都指揮使司的明軍，也處在岌岌可危