爾丹的統治地位，康熙三十六年（1697年）二月，康熙第三次帶兵渡過黃河親征。

這時，噶爾丹的侄子策妄阿拉布坦趁著后方空虛，占領了噶爾丹的根據地伊犁，并且奪取了他控制下的哈密，切斷了他的退路。

消息傳到了前線，噶爾丹軍中人心大亂，部屬們紛紛投降，噶爾丹眾叛親離，兵敗流竄一年后，在走投無路之下服毒自盡。

康熙三次親征噶爾丹，并沒有清朝自己宣揚的那么輝煌，充其量只是打了幾次自衛反擊戰，成功阻止了準噶爾的東進，將被奪走的喀爾喀蒙古重新并入了版圖，沒有攻占漠西衛拉特蒙古的一寸土地。

康熙三十七年九月，策妄阿拉布坦遣使清朝，獻上噶爾丹的尸體并向清朝臣服，繼任了準噶爾部的臺吉。

康熙五十六年（1717年），策妄阿拉布坦在伊犁河北岸建固勒扎都綱（金頂寺），所以后來清朝稱這個地方為固勒扎（今新疆伊犁自治州首府伊寧市）。

在策妄阿拉布坦的統治下，準噶爾部又逐漸的強大起來，再一次走上了反叛的道路。

康熙五十六年準噶爾出兵西藏，攻占了拉薩，康熙五十七年清廷出兵自青海入藏平叛，這一對老冤家又開始了斷斷續續，曠日持久的戰爭。

雍正五年（1727年），策妄阿拉布坦死，其子噶爾丹策零即位。

自雍正七年開始，清朝又數次派軍征討準噶爾，前后又打了幾年，雙方互有勝負。

雍正十二年（1734年），噶爾丹策零向清廷請和，雍正也屬實是有些打不動了，于是雙方罷兵議和。

雍正十三年清朝與準噶爾汗國簽訂和約，約定以漠北杭愛山為界，以東屬大清，以西屬準噶爾。

雍正與他爹康熙一樣，也只不過是打了數年的自衛還擊戰，最后在一份沒有取得勝利的和約上簽了字。

與清朝簽約停戰后，準噶爾并沒有停止擴張的步伐，又向西部、北部開疆拓土，不斷發展壯大。

至今已經擁有人口五百余萬，軍隊三十萬，控制著南疆、北疆、蒙古高原西部、哈薩克汗國（今哈薩克斯坦）、浩罕汗國（今烏茲別克斯坦）等大片疆域。