勢力，成立了中華國民共進會，自任會長。然該會成立后到處鬧事，危害社會治安。尤其是在一九一二年九月制造了湖北馬隊兵變，被黎元洪鎮壓后查明應桂馨為主使，于是嚴加通緝。

不久后，內務部秘書洪述祖以調查水上警察事宜為名來上海，實際上帶著袁世凱招安共進會的秘密使命，與應桂馨建立聯系與交情。洪述祖不僅向江蘇都督程德全舉薦應桂馨出任江蘇駐滬巡查長，還說服黎元洪取消了對應桂馨的通緝。

十二月應桂馨受洪述祖之邀北上北京，謁見大總統袁世凱與國務.總.理趙秉鈞，期間曾請求任命他為“中央特派駐滬巡查總長”，管轄自川、豫以至閩、廣等地的會黨勢力，被趙秉鈞拒絕，

當時，洪述祖欲阻止國民黨組建政黨內閣，在袁世凱的支持下密電聯絡應桂馨，要求他搜集關于國民黨領袖孫中山、黃興、宋教仁的黑材料。應桂馨謊稱他已得知日本有“孫黃宋劣史”、“黃與下女合像”、“宋犯騙案刑事提票”等物證，向政.府索要30萬來購買。袁世凱對“宋犯騙案刑事提票”頗感興趣，欲知其詳情并托洪述祖要求應桂馨先提供原件或影印件，但應桂馨始終無法交出。

一個常見的說法是，洪述祖知道妖魔化國民黨要人的方法行不通后，便于三月六日密電應桂馨，暗示他對宋教仁“乘機下手”。十三日更以“毀宋酬勛位”為誘餌，嗾使應桂馨殺害宋教仁。應桂馨欲以低價收購國債作為報酬，洪述祖則回應“債票特別準”。

應桂馨得到承諾后，收買兇手武士英，于一九一三年三月二十日制造了宋教仁案。三月二十四日，應桂馨在迎春坊妓女李桂玉家中被英捕房逮捕。在審判期間百般抵賴，至七月二次革命爆發之際，他趁亂越獄，藏身青島德國租界。

據稱，二次革命遭鎮壓、袁世凱就任正式大總統后，應桂馨致電政.府，稱自己殺“賊”有功，請求平冤昭雪。袁世凱政.府并無反應，他便親自入京邀賞。在北京期間，每晚在八大胡同縱情聲色。

一九一四年一月十七日，應桂馨在嫖娼并吸大煙時遇到軍警查拿。軍警不知他為應桂馨，他卻高聲對軍警說：“我乃民國首功，又殺宋教仁之功首，現在**將予我上將，并酬勛位及國庫證券百萬，今我逸興遄發，樂此以消永夕，于汝何事？”遂將軍警轟走。

兩天后的一月十九日下午，應桂馨就在津京快車上遇刺身亡，主使者一般認為是袁世凱。

對于涉及到自己的電報，趙秉鈞辯稱：“程都督、應民政長宣布宋案證據，其涉及秉鈞者，惟手書兩件，然一為發給密碼，一為請領津貼，均屬因公”。

宋教仁案的另一個重要嫌犯是國府的內務部秘書洪述祖。

洪述祖，原名洪熙，字蔭之，號觀川居士，出生于江蘇常州一個名門望族之家。他的先祖是清代赫赫有名的大文豪洪亮吉。其名述祖，有繼先祖功業之意。不過，洪述祖一生行跡與乃祖之行，南轅北轍。

洪述祖九個月時，太平軍攻陷常州，其父洪彥先死于巷戰，家屬十七人投河。唯洪述祖與其母張氏被人所救。后依靠叔父洪彥哲生活，并在其門下受學。

光緒四年（1878年）考取秀才，但其后八年間屢試不第，于是以游幕為生。先后佐理江西學政陳寶琛、江西巡撫潘霨、欽差大臣督辦福建軍務左宗棠和臺灣巡撫劉銘傳之幕府。

光緒十四年（1888年），洪述祖被劉銘傳派去英國，驗收臺灣商務局在英國訂造的“駕時”、“斯美”兩艘快船。事后劉銘傳彈劾洪述祖私吞公款，遂被革職并下淡水縣獄。

光緒十九年（1893年），洪述祖出獄，北上天津投奔同鄉津海關道盛宣懷。不久甲午中日戰爭爆發，洪述祖被派往朝鮮，負責電報事務，并在那里結識了袁世凱、唐紹儀。戰后洪述祖回江蘇謀生，從此其名由洪熙