云南宣布獨立后，即成立軍政.府。關于軍政.府都督的人選，蔡鍔和唐繼堯二公相互推讓，由于蔡鍔的堅持，最終推舉唐繼堯為軍政.府都督。

云南都督府成立后，唐繼堯聘請前巡按使任可澄，前山東提學使陳榮昌為參贊。前國會議員趙藩、袁嘉穀及張耀曾等為參議。指派由云龍為秘書廳長、張子貞為參謀廳長、庾恩腸為軍政廳長、陳廷策為民政廳長、丁光冠為司法廳長、陳鈞為財政廳長兼鹽運使。

軍政.府提出四項主張：

（一）與全國國民戮力擁護共和國體，使帝制永不發生于中國；

（二）劃定中央地方權限，俾各省民力能有自由之發展；

（三）建設名實相符的立憲政體，以適應世界潮流；

（四）以誠意鞏固邦交，增進國際團體之資格。

同時申誓四點：

（一）同人職責惟在討袁，天助吾民，幸克有濟，舉凡建設之事當讓賢能以明初志，個人權利思想悉予刬除；

（二）地無分南北，省無論甲乙，同此領土，同是國民，惟當量材程功，通力合作，決不參以地域觀念，自啟分裂；

（三）倒袁救國心理大同，但能助我張目，便當引為同志，所有從前黨派意見，當然融消，絕無偏倚；

（四）五大民族同此共和，袁氏得罪民國，以成五族公敵，萬眾一心更無何等種族界限。

十二月二十五日，云南獨立的消息到了北京后，袁世凱忿怒到了極點。他應該是清楚云南地理環境，對云南用兵不一定如平定二次革命那樣順利。

但他知道，必需使用雷霆手段，盡快解決云南問題。他不能不知道，自己的稱帝有多少民意支持，一旦各地效仿和響應云南，弄不好局面可能失去控制。

于是，袁世凱于十二月二十九日下令，將唐繼堯、任可澄、蔡鍔免職。

“……蔡鍔等討論國體發生之時，曾糾合在京高級軍官，首先署名，主張君主立憲，嗣經請假出洋就醫，何以潛赴云南，诪張為幻，反復之尤，當不至此。但唐繼堯、何可澄既有地方之責，無論此項通電，是否受人脅迫，抑或奸人捏造，究屬不能始終維持，咎有應得，開武將軍唐繼堯、巡按使任可澄，均著即行褫職，并奪去本官及爵位勛章，聽候查辦！蔡鍔行跡詭秘，不知遠嫌，應著褫職奪官，并奪去勛位勛章，由該省地方官勒令來京，一并聽候查辦！此令。”

還一廂情愿地下令第一師師長張子貞代理云南將軍，第二師師長劉祖武代理云南巡按使，令他們就近押解蔡、唐等人來京治罪。

民國五年一月五日袁世凱又有申令各省長官曉諭人民云：

“……予昔養疴洹上，無心問世，不幸全國崩解，環球震動，遂毅然以救國救民為己任，支持四載，困苦備嘗，真不知尊位之有何樂。無如國民仰望甚切，責備甚嚴，同為國民，敢自暇逸？責任所在，盡力以為，不惜一身，只知愛國，皇天后土，實鑒此心。

“明知暴亂之眾，狂妄之徒，斷不可以謀國；然果使中有杰出之才，可以治國保民，為人民所信仰，極愿聽其為之，予得釋此艱巨之仔肩，詎非幸事；然能安大局，環顧何人，為智愚所共見。人民無罪，未可舉全國之重，任人試驗，實逼處此，無從諉卸。

“國民深悉暴民狂徒之心理，終必慘烈相爭，儻有墨、葡之變，必為越、韓之續，故謀改國體，冀可長治久安，文電交馳，情詞迫切，無非出于愛國之真誠。乃有蔡鍔之流，權利熏心，造謠煽亂，非不知人民之狀況，時局之艱危，但思僥幸一逞，儻其大欲，即涂炭生靈，傾覆祖國，亦所不顧。抑知國之不存，權利何有？此等舉動，早為國民所預料，幸而發覺尚早，不難隨時消滅。各省官民，僉謂國體既經全國人民代表開會決定，一致贊成君憲，并同戴一尊，根本大計