徐樹(shù)錚不只和總統(tǒng)府秘書(shū)長(zhǎng)對(duì)立，在國(guó)務(wù)會(huì)議中也引起了極大的麻煩。在第一次閣議中，內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)孫洪伊就和徐樹(shù)錚吵了起來(lái)。這便是我們前邊提到過(guò)的“閣潮”，

照法理講，國(guó)務(wù)院秘書(shū)長(zhǎng)只能列席內(nèi)閣會(huì)議，并無(wú)發(fā)言權(quán)。那次閣議中，討論到廣東李烈鈞和龍濟(jì)光的糾紛，徐樹(shù)錚主張電令閩、粵、湘、贛四省會(huì)剿李烈鈞。孫洪伊主張去電和解，其他閣員皆贊成孫的主張，不過(guò)為了段的面子，沒(méi)有制止小徐發(fā)言。

徐樹(shù)錚竟于閣議后，將會(huì)剿李烈鈞的電報(bào)拍發(fā)，待四省復(fù)電國(guó)務(wù)院，閣員們才知其事。孫洪伊遂在閣議席上指責(zé)小徐，小徐也反唇相譏，兩人幾乎拍桌吵鬧。后因段祺瑞袒護(hù)小徐并主動(dòng)承擔(dān)責(zé)任，閣員們顧及段的面子，才未過(guò)于追究。

總統(tǒng)和國(guó)務(wù)院職權(quán)劃分后，國(guó)務(wù)院大權(quán)幾乎全集中于徐樹(shù)錚之手。不止孫洪伊不滿，其他閣員也不滿意。不久發(fā)生了任命郭宗熙為吉林省長(zhǎng)和查辦福建省長(zhǎng)胡瑞森案，遂使內(nèi)閣的火藥氣氛接近爆炸。

這兩案都是徐樹(shù)錚擅行決定，得段同意辦理，既未經(jīng)閣議審查，又沒(méi)有主管內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)副署，徐即以國(guó)務(wù)院名義徑行咨復(fù)國(guó)會(huì)。

孫洪伊認(rèn)為小徐眼中完全沒(méi)有內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)，段也不尊重自己，乃當(dāng)面質(zhì)問(wèn)段祺瑞凡與各省民政長(zhǎng)及有關(guān)的問(wèn)題，內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)是否無(wú)權(quán)過(guò)問(wèn)？院秘書(shū)長(zhǎng)是否有權(quán)擅自處理？

孫洪伊（1870—1936），直隸天津（今天津市）人，字伯蘭。曾入袁世凱幕。清宣統(tǒng)三年（1911）任直隸諮議局議員。辛亥革命后與湯化龍等在上海組織民主黨，參加進(jìn)步黨，為首領(lǐng)之一。一九一三年被選為眾議院議員、憲法起草候補(bǔ)委員。曾公開(kāi)發(fā)表言論，反對(duì)袁世凱圖謀帝制。

一九一六年任教育總長(zhǎng)，旋改任內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)，不久辭職。同年在上海組織“憲法商榷會(huì)”。一九一七年參加護(hù)法運(yùn)動(dòng)，任軍政府內(nèi)務(wù)部部長(zhǎng)，次年去職。一九二零年任廣東政府顧問(wèn)。直皖戰(zhàn)爭(zhēng)后，舊國(guó)會(huì)恢復(fù)，被稱為“小孫系”首領(lǐng)。歷任教育總長(zhǎng)、內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)等職。參加了護(hù)法運(yùn)動(dòng)，反對(duì)段祺瑞。一九二零年在廣州任軍政府顧問(wèn)。一九三六年三月二十八日病逝于上海。

段祺瑞無(wú)言回答，只能說(shuō)一句“樹(shù)錚荒唐。”

吩咐把胡瑞森一案的咨文追回，可是國(guó)會(huì)已經(jīng)印發(fā)了出去，無(wú)法追回，孫洪伊乃于八月三十日憤而辭職。

段祺瑞一面派許世英致意慰留，一面調(diào)整內(nèi)閣辦事程序五點(diǎn)。

（一）凡答復(fù)議會(huì)之質(zhì)問(wèn)書(shū)，須由主管部起草。

（二）頒布命令須由國(guó)務(wù)員副署。

（三）院令須經(jīng)國(guó)務(wù)會(huì)議通過(guò)。

（四）閣議通過(guò)者，秘書(shū)不得擅改。

（五）各項(xiàng)法令非經(jīng)總理及主管部總長(zhǎng)副署，不得發(fā)出。

黎元洪聞知此事后，于十月一日召見(jiàn)孫洪伊，當(dāng)面予以懇留。

不久，孫洪伊為整頓內(nèi)務(wù)部，裁汰了一些員司，被汰人員祝書(shū)元等二十八人借口不合文官任免休職條件，控拆于平政院。

平政院決定受理，限孫五日內(nèi)提出答復(fù)。

平政院是民國(guó)時(shí)期審理行政訴訟和官吏違法行為的法院。一九一四年公布平政院編制令（共29條）后設(shè)置。

編制令規(guī)定平政院審理行政官吏的違法不正行為，就行政訴訟及糾彈事件行使審判權(quán)。設(shè)院長(zhǎng)一人，評(píng)事十五人。院內(nèi)設(shè)三個(gè)庭，各由評(píng)事五人組成，其中一人為庭長(zhǎng)。平政院內(nèi)又設(shè)肅政廳，置都肅政史一人，肅政史十六人，糾彈違法的行政官吏，平政院的裁決是最終裁決。

孫洪伊認(rèn)為平政院是袁世凱所設(shè)，其本身地位有問(wèn)題，因而置之不理。

十月七日平政院認(rèn)為內(nèi)務(wù)部非法，任免令一律取消，由院呈請(qǐng)大總統(tǒng)下令執(zhí)行。孫洪伊則力斥平政院非法設(shè)立，不在民元《約法》內(nèi)。雙方爭(zhēng)執(zhí)甚為激