一九一五年，周自齊任財政部總長，潘馥為參事。其間，他又與同鄉靳云鵬籌資開辦濟南魯豐紗廠。一九一六年，潘馥調任全國水利局副總裁，同時又與濟寧劉韻樵、靳云鵬等八家合股投資三十萬元（銀幣）建濟寧濟豐面粉廠，日產近五十噸，暢銷京津。一九一八年三月，他又與馬丹銘、靳云鵬等十四家合資二千多萬元，創辦濟寧電燈公司。

一九一九年九月二十四日，靳云鵬受總統徐世昌之命組織內閣，舉薦潘馥為財政部次長。

直皖大戰的時候，南方也不消停，北軍鬧餉，南軍也同樣。

云南省是護國討袁的發源地，護國軍的主力幾乎全是滇軍。當時護國軍分為三路一軍由蔡鍔率領出四川；一軍由李烈鈞率領經貴州向湖南和兩廣發展；一軍由唐繼堯領導，在云南坐鎮。

打仗是要花錢的，云南本就是個需要中央財政補貼軍餉的省份。護國期間大敵當前，軍事第一，盡管全省萬眾一心，出兵出餉，但終究是入不敷出。討袁戰爭結束后，軍餉問題并沒有解決，也養活不了這這么多的軍隊，于是省外的滇軍變成了孤軍。蔡鍔留在四川的軍隊起先由羅佩金統率，后來便由顧品珍統率。四川的將領都反對滇軍在四川駐防，因此護國之后五年間，川軍一直對留川的滇軍采取敵對態度和不斷的攻擊。滇軍在川日久，也有回鄉之心，于是，民國十年顧品珍堅持率軍由四川回云南。