惠州一戰，鄧鏗聲名鵲起。廣東全省光復后，升任廣東陸軍第一混成協協統，廣東都督府陸軍司長兼稽查局長，后改任都督府參謀長。

一九一三年鄧鏗任瓊崖鎮守使。二次革命時起兵反袁，與龍濟光激戰于三水，失敗后逃亡日本。

在日本，他追隨孫中山在日本加入中華革命黨，任軍務部副部長。從此之后，鄧鏗一直是孫中山的得力助手。

在討袁（世凱）驅龍（濟光）、護法援閩等戰事中打了無數硬仗。在當時，鄧鏗與朱執信、廖仲愷被同視為孫中山的股肱心膂。朱、廖二人是政治活動家，鄧鏗則是掌握軍權的重量級人物，孫中山在軍事上很多時候要依賴鄧鏗。

鄧鏗待人仁厚，律己廉潔，治家節儉，常常以減衣縮食來勉勵家人。在福建征戰期間，他對自己的要求尤為嚴格，“月受俸僅百二十金，即平日輕慢公者，亦為贊嘆而敬服”。

他經常對下屬和朋友說“近來人心常以做官為黷貨途徑，及其已得，則消耗與嗜。即稍稍儲積，其結果不過增加自身罪惡，而陷后人于有恃無恐，不克振拔之地而已。”

聞者皆服為名論。難怪胡漢民稱鄧仲元為“武人之中，高節遠矚，惟公為能”。

鄧鏗治軍嚴謹，廉政不阿，嫉惡如仇。他對軍中不肖分子包庇煙賭的行徑，毫不徇情，并多次派出憲兵，專門緝拿偷運煙土的官兵。

有一次，他在廣州晏公街緝獲煙土兩百多擔，查明是陳炯明的部署洪兆麟、陳炯光、陳覺民等人伙同所為。雖與陳炯明是生死患難之交，但并沒有睜一只眼閉一只眼，召集廣州各界代表和各國駐廣州領事，共同監督將煙土焚于東郊。

此舉被當時的人們贊頌為林則徐之后的第二次大規模焚毀鴉片。有人勸他做事要少與自己樹敵，以免給自己帶來殺身之禍。鄧鏗則說“怕死則不必作革命事業，丈夫寧玉碎耳，何慮？”

但是，此時的鄧鏗還沒有想到，他的這一系列廉政不阿，嫉惡如仇之舉，已經為他日后遇刺埋下了禍根。

陳炯明的親信有犯法的，常受鄧鏗的呵斥，陳的左右對鄧鏗積怨甚深。認為鄧鏗是粵軍中的孫中山親信，視如眼中之釘。

孫中山出師時，鄧鏗特撥自轄的一團為孫的警衛團，以鄧的副官長陳可鈺統率，用以保護孫的安全。北伐軍軍餉，就是鄧鏗一力籌措的。

三月中旬，孫中山的代表伍朝樞和段祺瑞的密使周善培從北方到了香港，鄧鏗和總統府秘書長謝持由廣州專程赴香港迎接。這次行蹤除了粵軍總司令部重要人物知道外，并無外人知悉。鄧啟程時，陳炯明曾親自送到樓梯。

一九二二年三月二十一日傍晚七時，鄧鏗從香港返回廣州，在廣九車站下車。即將登上汽車前，忽然人群中響起了槍聲。鄧仲元身中兩彈，一彈掠過腹部，微傷，另一顆子彈則貫胃部而出，重傷。

鄧鏗中槍負傷后第一時間仍想奮力抓住兇手，但是傷重不支，只好馬上命令司機趕回省署。

見到陳炯明和家中親人后，此時的鄧鏗已隱隱感覺到性命難保，遂告知后事“余才學不逮朱執信遠甚，朱且先我而死，為革命黨人，平日拼作犧牲，爾等無過傷也。天下不能容好人，付之嘆息而已。”

二十三日四時不幸逝世，終年三十八歲，臨終前嘆息一聲“好人難做”！

就是鄧鏗臨終前的這些話，引發了后來人們的諸多猜想。

鄧案發生后，政務廳長古應芬懷疑兇徒匿居香港，派夏重民赴港密緝，獲知主謀者為陳炯明族弟陳遠生嗾使黃某收買兇手謀刺，曾密報香港政府。

鄧鏗殉難消息傳至桂林，胡漢民、許崇智、蔣中正均傷悼慟哭，

孫中山尤為悲愴，電陳炯明云“仲元遽以創死，傷哉！平日忠于國事，勇于奮斗，前途之望，正復無量！壯年遽殞，不止粵