明治維新給日本帶來的變化，對中國的革新人士有著很強的示范作用，中國的立憲運動和戊戌變法在很多的方面都是效法日本的明治維新。日本在很長時間里，也是國人新思想、新觀念的重要策源地。

這次游學，蔡元培原本打算，用一個月的時間到日本各地考查與學習，但因故而提前回國。

“那時候，我國留日學生，競唱各省分途革新的方案，各省留學生分出雜志，如《浙江潮》《新湖南》等等?！墩憬薄返闹鞴P，是海寧蔣君百里與諸暨蔣君伯器（蔣觀云之子），同學陸軍，成績優異，有‘浙江二蔣’之稱?！?

從蔡元培的這段回憶中可以看出，他所看重的還是當時的“新媒體”（即雜志）、“新人物”（蔣百里、蔣伯器）、“新思潮”（革新思想）。蔡元培本來就是抱著救國的思想到海外游學，這些愛國、救國、變革、斗爭的熱潮自然深深地感染著他。

蔡元培游學日本期間，吳稚暉帶領一批中國學生到達日本，請求中國駐日使館為他們聯系日本軍事學校，屢遭公使蔡鈞托詞拒絕，雙方矛盾加劇。

最后，吳稚暉帶領學生們留在使館，聲稱公使不答應他們的請求就不離開。雙方僵持的時候，使館干脆叫來日本警察，拘留了吳稚暉，遣散了其他學生。

緊接著，營救吳稚暉便成為中國留日學生的重要活動。當探知日本警方將遞解吳稚暉出境后，大家想到的最好的應對之策，就是能有熟悉中國北方情形的人自愿與吳同行，以便隨時援救。

蔡元培雖然希望在日本好好游歷一番，但在大家需要幫忙的時候，他馬上放棄了接下來的行程，主動提出愿與吳稚暉同行。

結果，日本警察將吳稚暉押解到前往中國的輪船上以后，便不再過問。蔡元培與吳稚暉順利回到了上海。

這便是蔡元培的第一次海外游學。

從日本歸來不久， 就發生了南洋公學退學的風潮。

這所學校在課程的設置在當時雖特別先進，但校政管理仍籠罩在封建的固執和傲慢之下。尤其是有些教員思想很守舊，還是用過去私塾里那一套對待學生。而學生方面日益受新思潮的熏染，已經在很大程度上萌發了自由自主的意識。這種觀念的反差，終于在一次偶然事件中發展成為公開的抗爭。

11月中旬，第五班學生誤將一瓶墨水放置在講桌上。國文教習郭某發現后嚴厲追查，并處罰了無辜學生，激起全班學生的憤怒，一致要求校方辭退郭氏。校方反以“聚眾滋事”的罪名，無理開除了全班的學生。此行激起了包括特班在內的全校二百多名學生的強烈不滿，大家相約全體退學。

蔡元培同情學生，曾向學校當局交涉，希望能改變無理的決定。但有人說學生此舉就是因為他平素提倡民權思想所致，在此情況下，蔡元培只能憤然辭職。

隨后他將一部分退學的學生組織起來，征得中國教育會同人的贊同和支持后， 募集款項，聘用義務教員，創辦起了愛國學社。

他被推舉為學社的總理，也就是校長，該學于1903年初正式開學。

愛國學校的成立，是蔡元培為新教育奔波多年之后，相對獨立創辦起來的一個教學實體。在這里，他總算可以自主的貫徹自己的教育救國主張了。

而隨著一批反清志士的加入和客觀形勢的推動，蔡元培這位儒者也就開始了革命的生涯。

20世紀初的上海。作為中國近代發展最快的通都大邑，常能獨得風氣之先。十里洋場本就魚龍混雜，信息靈便。 戊戌變法失敗后，國內很多仁人志士聚集于此各展宏圖。海外反清力量于庚子事變之后氣勢也越來越強盛，憑借滬上的租界，聯絡同志，開展活動。

這一時期，憂國的中國精英分子們紛紛走上了暴力推翻滿清政權的道路，革命成為風尚。