革命的路總是艱難而又曲折的，蔡元培雖然早已不是熱血青年了，但是，一次次的挫折也使得他不免陷入彷徨之中。如同他在“自述”中所說“在上海所圖皆不成，意頗倦。”

19世紀末20世紀初，中國社會經歷著“數千年未有之變局”。在此新舊交替的過渡期，一些有識之士開始走出國門、開眼看世界，希冀從西方強國尋求救亡興國之道。

對蔡元培而言，此前的十數年里，主要是通過中國先覺的知識分子及日本學者翻譯的西方思想學說，來了解和認識世界的形勢和最新思潮，這些書籍也確實啟蒙了他的諸多新思維。

但是百聞不如一見，從書上讀到的畢竟是第二手的資料，況且，還夾雜著譯著者自己的主觀認識甚至于偏見。親身到西方文化的發源地去看一看，挖掘更多的思想源泉、磨礪改造中國的思想利器，成了蔡元培夢寐以求的事。

20世紀初，中華大地上出國留學或考察蔚然成風，但大多是晚清政府公費官派的留學生，所去國又以日本為主，去歐洲的很少。

蔡元培曾于1902年夏到日本游歷，但是他于留日并無興趣。原因在于，日本雖然是一個善于學習的國家，通過學西方進行了明治維新，使得國力陡然走向強盛，但是日本并不是近代工業、近代思想和社會經濟制度的發源地。

蔡元培一心想去追尋歐洲文明的源頭，他夢想中的游學目的地是德國。

1903年6月中旬，因愛國學社與中國教育會的同志意見不合，發生了分裂，蔡元培便離開了愛國學社。在一段時間里他曾去青島學德語，為赴德留學做準備。

次年，蔡元培的女兒出生，蔡元培取名“威廉”，爾后，他又為1906年出生的兒子取名“柏齡”柏林。為子女所取的這兩個德國式的名字，可見蔡元培對赴德求學的向往和決心。

出國是為救國謀。蔡元培堅定地把留學目標定為德國，是因為在他看來德國是當時歐洲以至世界上哲學、教育學最發達的國家，在那里最能學到對中國有益的新知。

在西方近代教育的發展進程中，德國曾做出過重要貢獻。赫爾巴特的《普通教育學》被認為是第一部具有科學體系的教育學著作。福祿貝爾創辦的幼兒園影響了世界學前教育的發展。近代西方的教育視導、公立教育、義務教育制度、實科教育、師范教育、雙規學制和雙元制職業教育等，也大多起源于德國，并對其他國家產生了重要影響。

拿破侖戰爭后，普魯士引進了教師需要國家認證的制度1810年，這提升了教師的教學水平。1812年，普魯士開始設置中等學校的升學考試這在1788年已被發明；到了1871年，整個德意志帝國都接受了這種制度。此后，德國的學校教育開始變得較系統化和國家化，更多的學校被建立起來。

“救國必以學，世界學術德為尊，吾將求學于德”。在給清廷學部的留德申請呈文中，蔡元培這樣寫道“竊職素有志教育之學，以我國現行教育之制，多仿日本。而日本教育界盛行者，為德國海爾伯脫派。且幼稚園創于德人佛羅比爾。而強迫教育即義務教育之制，亦以德國行之最先……歐美各國，無能媲者。爰有游學德國之志……至少以五年為期。冀歸國以后，或能效壤流之助于教育界?！?

蔡元培在給清政府呈文里的這一番話，是他的肺腑之言。

怎么才能去德國留學呢？蔡元培在尋找機會。

朋友們知道蔡元培的想法，1906年的5月間，有北京的朋友來信告訴蔡元培，清政府擬公派幾名翰林院編檢出國留學，勸其盡快去京登記。不久，他從報紙上也看到了同樣的消息，自然是機不可失。

他于6月下旬先抵上海，去迎接章太炎出獄，并送其去日本。隨后參加鄒容死難周年紀念日，并了卻了為這位先逝的青年志