1904年，經何海樵介紹，蔡元培加入反清的秘密暗殺團，并邀鐘憲鬯、俞子夷等人參加。

為制造暗殺工具，蔡元培找來懂化學的朋友，還弄來一只貓進行試驗。開始，他們造出一種液體毒藥，給貓服下，只幾滴便毒死。但蔡元培覺得，液體毒藥使用起來不方便，也容易被人發現。于是他從日本郵購了一批藥物學、生藥學、法醫學方面的書，從頭進行研究，隨后，開始自己試制炸藥和炸彈。

制造的工作莊嚴而神秘。在秘密制造工廠中供奉著中華民族祖先黃帝的牌位。試制前，蔡元培等一眾志士寫好誓言，人手一紙簽上自己的名字，神情嚴肅。有人宰掉一只雞，將雞血灑在紙上，又滴入酒碗。然后，大家一齊向牌位跪下宣誓，爾后將雞血酒一飲而下。儀式過后，人們將宣誓紙條揣入懷中，制造炸藥的工作便正式開始了。

參與其中的俞子夷后來回憶說“蔡師知道我對化學有興趣，囑我研制毒藥，所需器材由科學儀器館供應。……我課余讀書，試驗，試制氰酸，一試即成。蔡師囑工友弄來一貓，強令其服，只幾滴，貓即中毒死。蔡師認為液體毒藥，使用不便，易被人發覺，必須改制固體粉末。于是向日本郵購了一批藥物學、生物學、法醫學等書，從事研究，但無大進展，而研究的對象，不久即轉向炸藥。試制炸藥有個秘密組織，人數不多，地點在冷僻的弄里，鄰近全是貼召租的空屋?！?

陳獨秀、章士釗、劉光漢等人隨后也加入這個秘密組織。

陳獨秀后來曾回憶這段經歷說“那時楊篤生、何海樵、章行嚴等，在上海發起一個學習炸藥以圖暗殺的組織，行嚴寫信招我，我由安徽一到上海便加入了這個組織。住上海月余，天天從楊篤生、鐘憲鬯試驗炸藥。這時孑民先生也常常來試驗室練習，聚淡。”

大家應該記得，一九零五年，袁世凱領銜上奏請行立憲，并在奏折中建議派員出國考察，朝廷批準了他們的建議，決定派載澤等五大臣出國考察。當五大臣在北京火車站正準備登車時，革命黨人吳樾投擲詐彈，詐傷了十多人，迫使五大臣推遲行程。

對的，這次刺殺，就是蔡元培參加的這個暗殺組織所為。

在蔡元培出任北京大學校長后，林語堂還曾在校長室玻璃柜里，看到陳列著當年蔡元培和同志們制作的炸彈，這也許是他對這一段革命生涯的懷念。

蔡元培所做的事情不可能完全躲過朝廷的耳目。清政府得知相關消息后非常恐慌，兩次開列出逮捕革命黨人的名單，而蔡元培的名字都排在第一位?；蛟S是由于愛國學社設在租界里，也或許是經辦的人出工不出力，反正蔡元培一直很安全。

蔡元培從事革命的另一項工作是辦報紙。

《蘇報》1896年清光緒二十二年6月26日創刊于上海。初創時﹐由胡璋的日本籍妻子生駒悅任“館主”﹐鄒弢任主筆。在日本駐滬領事館注冊。多刊社會新聞。

1900年原主無力維持﹐讓給陳范。陳范聘汪文溥為主筆﹐一度致力于?；柿椀男麄?。

陳范，字夢坡，湖南衡山人，清光緒十五年（1889）考中秀才，嗣任江西鉛山知縣。光緒二十年（1894）以教案被劾罷官，退居上海。

1902年起﹐陳范逐漸傾向革命﹐聘章士釗擔任《蘇報》的主筆，《蘇報》態度也明顯轉變。該年冬特辟“學界風潮”專欄﹐公開支持學生的愛國運動和革命活動﹐并約請中國教育會和愛國學社成員撰寫評論﹐成為兩個革命團體的講壇。

前邊提到過，一直以來，陳范與蔡元培走得很近。

蔡元培等人把《蘇報》變成了愛國學社的機關報，在上面發表文章、宣傳革命，弘揚民族主義。

同時還與人合作出版《俄事警聞》后改名為《警鐘日報》，號召革命。蔡元培曾在上面發表政治小