1916年6月，因搞復(fù)辟倒退而留千古罵名，皇帝沒(méi)當(dāng)成反而陷入四面楚歌的袁世凱一命歸西，黎元洪繼任大總統(tǒng)，國(guó)內(nèi)政治形勢(shì)發(fā)生了大的改觀。
此時(shí)，蔡元培的舊友范源濂、袁希濤分別出任了北京政府的教育總長(zhǎng)和次長(zhǎng)，范源濂上任之初，便對(duì)外表示要“切實(shí)實(shí)行（民國(guó)）元年所發(fā)表的教育方針”。
遠(yuǎn)在異國(guó)他鄉(xiāng)的蔡元培等人聽(tīng)到了這些消息，高興得奔走相告。
也就在這個(gè)時(shí)候，蔡元培收到教育總長(zhǎng)范源濂的電報(bào)”國(guó)事漸平，教育宜急。現(xiàn)以首都最高學(xué)府，尤賴大賢主宰，師表群論。海內(nèi)人士，咸深景仰。用特專電敦請(qǐng)我公擔(dān)任北京大學(xué)校長(zhǎng)一席，務(wù)祈鑒允，早日歸國(guó)，以慰瞻望。”
原來(lái)，一段時(shí)間以來(lái)，浙籍人士陳介石、馬敘倫等人就一直呼吁，請(qǐng)蔡元培擔(dān)任北京大學(xué)校長(zhǎng)。這也正是教育總長(zhǎng)范源濂心中所想，主管北京大學(xué)的專門教育司司長(zhǎng)沈步洲也極力促成此事。但是，北京大學(xué)校長(zhǎng)一職地位顯赫，任命權(quán)在國(guó)家元首，范源濂遂請(qǐng)示大總統(tǒng)黎元洪。
為了取得黎元洪的同意，范源濂可是動(dòng)了一番腦筋，準(zhǔn)備了一大堆說(shuō)詞；實(shí)在不行，他甚至想拿辭職相挾。
誰(shuí)知，見(jiàn)到黎元洪后，沒(méi)等他說(shuō)話，就聽(tīng)黎說(shuō)“范總長(zhǎng)，我知道您這么急找我是為的什么事？”
沒(méi)等范源濂開(kāi)口，黎元洪擺了擺手說(shuō)“是請(qǐng)我們的翰林大人蔡孑民當(dāng)北大校長(zhǎng)吧？”說(shuō)著，拿出一張蓋好大印的任命交給范源濂，“范總長(zhǎng)，副署后就可以發(fā)表了。”
一直到從總統(tǒng)府走出來(lái)，范源濂，好像都沒(méi)搞明白怎么回事。只是有些后悔，沒(méi)能當(dāng)面謝謝總統(tǒng)。于是，便有了他發(fā)給蔡元培的電報(bào)。
蔡元培其實(shí)對(duì)黎元洪沒(méi)有太多的好感。
1911年11月28日，蔡元培應(yīng)陳其美之邀從德國(guó)返回滬。回國(guó)后沒(méi)幾天，12月2日南京光復(fù)后，同盟會(huì)與各省在上海的代表醞釀推舉革命軍的大元帥，籌組革命臨時(shí)政府。蔡元培是同盟會(huì)元老，自然參與其中，并積極協(xié)調(diào)各方意見(jiàn)。黎元洪當(dāng)時(shí)是大元帥的人選之一。
在確定人選的時(shí)候，一些同盟會(huì)代表告訴蔡元培，黎元洪本人實(shí)際上是被士兵們逼迫參與首義的，而且私下還與袁世凱的北洋勢(shì)力有牽連，認(rèn)為黎當(dāng)大元帥不妥。有人還給蔡元培繪聲繪色的講了“床下督軍”的傳聞。蔡元培信還是沒(méi)信，不得而知，反正在籌備大會(huì)上，蔡元培提名黃興做大元帥，各省代表一致表示贊同。
會(huì)議上，率直的章太炎當(dāng)場(chǎng)站了起來(lái)，說(shuō)黎元洪無(wú)論如何也是參與了革命首義的有功之臣，影響重大，不可辜負(fù)。大家遂舉黎元洪為副元帥。
而后來(lái)因?yàn)槲洳矫娴姆磳?duì)和首義地位之重要，最后還是黎元洪當(dāng)了大元帥。
蔡元培對(duì)黎元洪印象很一般，但黎元洪對(duì)蔡元培的印象卻特別好。他就任大總統(tǒng)，特別想改變黨同伐異、軍人干政的風(fēng)氣，曾想任命蔡元培為浙江省長(zhǎng)。而浙江的鄉(xiāng)紳們，也有意推舉蔡元培為浙江督軍。因此事?tīng)砍秵?wèn)題過(guò)于復(fù)雜，黎元洪的這個(gè)想法沒(méi)能實(shí)現(xiàn)。
1916年7月12日，黎元洪任命范源廉主管民國(guó)的教育部。這時(shí)，社會(huì)輿論紛紛呼吁整頓北京大學(xué)，黎元洪首先想到了蔡元培。
蔡元培在任教育總長(zhǎng)期間，主持制定了中國(guó)第一個(gè)西方化的新學(xué)制“壬子癸丑學(xué)制”，以及將京師大學(xué)堂改為北京大學(xué)等驚世之舉，給黎元洪留下的印象很深，蔡元培當(dāng)教育總長(zhǎng)的贊揚(yáng)之聲，他不會(huì)聽(tīng)不到。
1916年12月22日，蔡元培攜眷應(yīng)召于大風(fēng)雪中回到北京。大總統(tǒng)黎元洪接見(jiàn)了蔡元培。隨后，北京政府教育部奉大總統(tǒng)令，于12月26日正式任命蔡元培為北京大學(xué)校長(zhǎng)。
蔡元培走馬上任后，面臨著教育經(jīng)費(fèi)的困難。黎元洪聞知后，先從自己做起，壓縮總統(tǒng)府預(yù)算、自減薪水，
