但沒有在7日告一段落，反而從9日開始有了一個新的開端，而且迅速擴及全國，不斷掀起高潮，直至獲得勝利。這個局面對于蔡元培本人來說，或許是他始料不及的，但歷史就這樣注定了他在這場偉大運動中無可替代的作用。

蔡元培的辭職是向大總統和教育部提出的，原因如其辭呈所言“近日本校全體學生又以愛國熱誠，激而為騷擾之舉動”，他作為校長“約束無方”，故“竭誠呈請辭職”。北大畢竟是北洋政府轄下的學校，蔡元培很清楚自己作為一校之長對4日行動負有的責任，因而是脫不了干系的。

辭呈所言只是一個堂而皇之的理由，而實際情況卻要復雜得多。當時，各方反蔡勢力都蠢蠢欲動，不僅威脅到他本人，甚至威脅到北大及其學生。具體來看，一是當局將運動“加罪于北大之一校，北大一校之罪加于蔡校長一身”，因此“撤職查辦北大校長”在當局幾乎是一邊倒的主張，而“解散北大”的動議也甚囂塵上。二是安福系更是磨刀霍霍，當局也明令要“將已釋學生送法庭懲辦”。三是因北大改革而失意的少數人也欲“乘隙而入”，里應外合，“動搖北大現狀”。

面對如此復雜的局面，蔡元培又拿出了他“政治生活中一貫的斗爭策略”——辭職。蔡元培在與北洋當局的斗爭中，“一面毅然斗爭，一面準備在不可為之時作引退之計，難進易退是他行事的一大準則”。總之，對于來自各方的威脅和壓力，蔡元培心知肚明，“蔡某不去，難猶未已”，與其被撤職查辦，學校、學生以及他本人的安危受到威脅，不如自己辭職更主動，更能息事寧人，也更能表達出一種反抗的姿態。

至于他是否預料到自己的辭職，會引起學生更大規模的行動以致將運動推向高潮，回答肯定是否定的。

蔡元培9日出京前，留下一則啟事“我倦矣！‘殺君馬者道旁兒。’……我欲小休矣”，同時聲明“北京大學校長之職，已正式辭去……自五月九日起，一切脫離關系” 。

蔡元培前腳剛剛離開北京，這則啟事緊接著就在北大學生中傳開并被印成傳單分發到外校，“挽蔡運動”由此爆發。

與5月4日下午的行動相比，“挽蔡運動”的最初幾天，學生是相當理性而克制的。也許是他們意識到，4日行動的過火之處以及蔡元培等人為營救被捕學生所作的承諾，因此他們只是以“呈文”教育部的形式“陳情挽留校長”，派出的學生代表還提出了三條富有建設性的“挽蔡”建議。

這里邊還有個插曲，蔡元培在出京時，留下啟事中有“殺君馬者道旁兒”。

“殺君馬者道旁兒”出自《風俗通》。《風俗通》曰；”殺君馬者路旁兒也。言長吏養馬肥而希出，路旁小兒觀之，卻驚致死。按長吏馬肥，觀者快之，稱者喜其言，馳驅不已，至于死。”

“殺君馬者道旁兒”的意思是馬跑得很快，路邊的看客不停地稱贊，馬主就不停地加速，結果把馬累死了。

蔡元培這一啟事究竟是什么意思？學生們理解不了。有人誤解為“君者指政府，馬者指曹、章，路旁兒指各校學生”。如果對此作這樣的解釋，那么很明顯，蔡元培在怪罪學生。于是學生就此求教當時北大文科教授程演生。

該教授向學生指出了這一典故的出處和含義。他表示，蔡先生用此語的本心是如果不考慮自己所處的地位，“將恐溺身于害”，并無責怪學生的意思。

至于“民亦勞止，汔可小休”則取自《毛詩?大雅?民勞》第二章的前兩句，意思是說，我已經很是疲勞了，應該好好休息一下了。但如果取全章之義，那么就不僅僅是感嘆自己了，而是在議論執政者了。

蔡元培得知此事后，為了消除學生的誤解，表明自己同情和支持學生愛國運動的心跡，5月10日，蔡元培在南下途中特地給學生寫了一封信。