他信中說道“仆深信諸君本月四日之舉，純出于愛國之熱誠，仆亦國民之一，豈有不滿于諸君之理？惟在校言校，為國立大學(xué)校長者，當(dāng)然引咎辭職。仆所以不于五日即提出辭呈者，以有少數(shù)學(xué)生被拘警署，不得不立于校長之地位以為之盡力也。今幸承教育總長，警察總監(jiān)之主持，及他校校長之援助，被拘諸生，均經(jīng)保釋，仆所能盡之責(zé)，止于此矣，如不辭職，更待何時……惟恐諸君或不見諒，以仆之去職，為有不滿于諸君之意，故特在途中匆促書此，以求諒于諸君。”

但是，安福系本來就把蔡元培看作眼中釘，必欲除之而后快，蔡的辭職正中其下懷。因此對于學(xué)生的“挽蔡”訴求，當(dāng)局不僅不明確表態(tài)，反而在9日發(fā)布了三道氣勢洶洶的命令。一令“查辦”北大校長（這一條后在教育總長的要求下撤銷），二令由警察廳將獲釋學(xué)生重新拘捕送交法庭“懲辦”，三令“整飭學(xué)風(fēng)”。顯而易見的是，在那個敏感的時刻，下達(dá)這樣的命令無異于火上澆油，于是“挽蔡”運(yùn)動急劇升溫，罷課罷教掀起高潮。

直到14日晚，北洋當(dāng)局才在各方壓力之下發(fā)布一道命令，表示對蔡元培所辭“著毋庸議”，所持理由是“妥求善后”“校長職責(zé)”。此令明顯沒有挽蔡的誠意，其言下之意似乎是五四誰惹的禍誰收拾，別想一走了之。更令人匪夷所思的是，當(dāng)局與這道命令同時發(fā)布的居然還有一道“挽曹挽章”令，對曹、章二人加以撫慰，并且對學(xué)生嚴(yán)詞恫嚇。如此倒行逆施、昏庸蠻悍，不僅再次激怒了師生，也激怒了廣大民眾。

從15日起，運(yùn)動迅速升級，從學(xué)生“總罷課”到北京各高校校長辭職、教育總長辭職；從學(xué)生罷課、教師罷教到工人罷工、商人罷市。運(yùn)動迅速由教育界擴(kuò)展到社會各界、各階層，從北京擴(kuò)展到上海、天津乃至全國，主題也從“挽蔡”再次上升到“外爭主權(quán)、內(nèi)懲國賊”的政治層面。

學(xué)生的運(yùn)動升級以后，北洋當(dāng)局的態(tài)度在表面上有所轉(zhuǎn)變，表態(tài)要“留蔡”，同時也多次致電蔡元培本人表示“慰留”。然而，蔡元培對當(dāng)局的誠意始終存疑，他離京后先到天津，再到上海，一路都處在觀望之中，辭職的初衷未改。