5月17日夜，蔡元培到了上海。18日上午他與來訪的蔣夢麟、黃炎培、沈恩孚等人面議良久，具體的商談內容沒有直接資料，但此后，蔡元培的態度顯然有所松動。

這可由他20日復北洋當局電報為證“奉大總統指令慰留，不勝愧悚……政府果曲諒學生愛國愚誠，寬其既往”，那么“元培亦何敢不勉任維持，共圖補救”。

電文表明，蔡元培實際上是“有條件的”接受了當局的“慰留”，愿意回?！熬S持、補救”。

數日后黃炎培、蔣夢麟致胡適信亦可作旁證“回校復職事，孑公已允。此事若不另生枝節，大學可望回復原狀。”

但世事難料，枝節還偏偏還是生出來了。蔡元培于5月21日到達杭州，很快就洞悉北洋當局“留他是假，去他是真”，故他于26日復電當局“臥病故鄉，未能北上”，這就意味著拒絕了當局的“慰留”。

6月6日，北洋當局也終于失去了耐心，撕下了虛情“留蔡”的面具，發布大總統令宣布由“胡仁源署北京大學校長”。

此令發出，師生的怒火再次噴發，社會各界的反應也愈加強烈，整個運動呈現出激烈的對抗狀態。與此同時，各界勸蔡“回職”的函電也紛紛發到蔡元培手里，許多機構和團體先后派代表到杭州面陳“挽蔡”誠意。

在運動不斷升級、“挽蔡”呼聲不斷高漲的情況下，蔡元培出于激憤于15日撰《不愿再任北京大學校長的宣言》，向各界宣示拒絕復職的理由“我絕對不能再做那政府任命的校長”，因為那是“半官僚的性質”；“我絕對不能再做不自由的大學校長”，因為“思想自由，是世界各國大學的通例”；“我絕對不能再到北京的學校任校長”，因為“北京是個臭蟲窠”。

內容上看，《宣言》無異于一篇檄文，表明了蔡元培對北洋政府決絕的態度，似乎也表明了他不回北大的決心。

這份宣言由于言辭激烈，被其弟蔡元康壓下未能發表。

蔡元康隨后以自己的名義在《申報》刊出啟事，稱家兄患病，遵醫囑屏絕外緣，俾得靜養云云。

這樣，就為蔡元培爭取到了些許相對寧靜的“世外”生活的時間。

在這段時間里，蔡元培終于實現了他很長時間以來的宿愿，出版李慈銘《越縵堂日記》。

李慈銘（1830年～1894年），初名模，字式侯，后改今名，字愛伯，號莼客，室名越縵堂，晚年自署“越縵老人”。會稽（今浙江紹興）西郭霞川村人。

自幼聰穎，勤思好學，博覽群書，十二三歲即工詩韻，深受漢學大師、學正吳晴舫器重，有“越中俊才”之稱。

一生仕途卻極不得意，十一次參加南北鄉試，無不落第而歸。咸豐九年（1859）北游京城，欲捐資為戶部郎中，不料為人欺哄，喪失攜資，落魄京師，其母因此變賣田產以遂其志，而家道由此中落。

同治九年（1870），41歲終于中舉。光緒六年（1880），51歲始中進士。官至山西道監察御史。“數上封事，不避權要。日記四十余年不斷，讀書心得無不收錄。學識淵博，承乾嘉漢學之余緒，治經學、史學，蔚然可觀。長于駢文，被稱為‘舊文學的殿軍’”。

所著《越縵堂日記》，內容涉及經史、紀事、讀書記、詩文等，字數多達數百萬字，是一部文史、學術寶庫，人評為“可繼亭林《日知錄》之博，”又謂“生不愿作執金吾，惟愿盡讀李公書。”為“晚清四大日記之冠”（另三部為《緣督廬日記》《翁同龢日記》和《湘綺樓日記》）。

所謂《越縵堂日記》，就是李慈銘一生堅持四十余年寫下的日記。最為可貴的是其中包括很大一部分讀書扎記，文史價值極高。

李慈銘病逝后，蔡元培受其家人的委托，對七十多冊李氏日記曾作過初步整理