，便是波爾雪維克即布爾什維克，那就是孫先生的罪人了”。

1928年10月8日，國民黨的中常會再次推蔡元培為國民政府委員并兼任監察院院長。蔡元培感到，這個任命實際上是出于蔣介石在國民黨內派系斗爭的需要，他不愿去趟這個渾水。

在10月13日在寫給吳稚暉的私函中，蔡元培寫道“此次國府委員名單及院長與主席人選，完全由先生及張、李兩先生提出，諸先生不避嫌之勇氣，固為可佩，然未免太露骨，如留弟一人，立于半超然之地位，仍亦不為無益。”

他建議讓與蔣介石關系密切且同樣老資歷的張靜江來干這個職務，私下里他卻對胡適說“這時候哪有監察的事可做？”

從這個時候開始，蔡元培這個在國民黨內有影響的人物，在黨內紛爭中，不再堅定地站在中國政壇日益崛起的蔣介石一邊，而是采取了他常說的“超然”態度，有時甚至站到了蔣介石的對立面。

1929年，蔣介石的親信、湖南省主席魯滌平被國民黨中的桂系免職，與南京的蔣介石政府發生矛盾。蔡元培作為“湘案”的查辦員，反對蔣介石用武力對付桂系。調解過程中，蔣介石扣押了由蔡元培等國民黨四元老邀請來南京的李濟深。蔡元培知道后深為驚怒，對蔣介石越發反感。

1931年2月，國民黨早期領導人、時任立法院長的胡漢民，因拒絕支持蔣介石的有關舉措，被蔣介石扣押軟禁，引發國民黨內反蔣各派聯合在廣州另組國民政府。形成嚴重的寧粵對峙，雙方劍拔弩張。

蔡元培作為南京方面的代表，與張靜江、吳稚暉等赴廣東居中調解。

在寧粵雙方的談判會議上，蔡元培先后擔任會議主席。

時任會議秘書的程滄波回憶說“蔡先生當時做主席，盡管李文范在那里跳，伍朝樞冷嘲熱諷地罵，他坐在席上絲毫不動。……寧粵相爭，盡管鬧得滿天星斗，但蔡先生處之泰然。這一段期間，我跟蔡先生接觸很多，不但白天有接觸，晚上也常到他那里。他很少談和談的事，也不談現實的問題，他很超然，眼光看得很遠，仍然是談教育、談思想、談文化。”

在私下，蔡元培這時與國民黨內反蔣的鄧演達、陳銘樞來往，參與策劃倒蔣活動。他們商定，看準時機在軍事上占領閩粵一帶，然后由蔡元培領銜發表對時局的宣言，呼吁和平、停止內戰、一致對外。

陳樞銘后來回憶“其時，我認為蔡元培有政治威望，擇生即鄧演達有群眾基礎，我有軍事力量，我們三人合作計劃實現，定可另開一新局面。”

恰在隨后，發生了震驚國人的“九一八”事變，日本占領中國東北。為避免國內的政治分裂，使外敵有隙可乘，蔡元培與陳樞銘遂放棄倒蔣的計劃。

這時蔡元培的身份仍是受蔣介石指派的南京方面談判代表。但在談判中，蔡元培沒有替蔣介石說話，他抵廣東后不久，即接受廣東方面提出的和解條件任命陳銘樞為京滬衛戍司令，調他的十九路軍駐扎京滬一帶。接受把蔣介石下野做為雙方和解的先決條件。

聞知蔡元培輕易接受粵方條件、以自己下野促成雙方和解，蔣介石十分生氣，第二天即致電斥責。

“九一八事變”之后，蔣介石提出“攘外必先安內”的政治策略。一方面下令張學良的東北軍撤出東北，將中國大片疆域拱手讓與日本人。另一方面加緊對的圍剿，全然不顧國內一片抗擊日寇的呼聲。這時候反對蔣介石的國民黨高層也給蔣介石更大的壓力，他們逼迫蔣介石交出權力。為了給國民黨內外一個交代，蔣介石只好第二次下野。

蔣介石第二次下野，從1931年12月15日開始，到1932年1月28日結束，歷時只有一個多月。由于蔣介石共進退的財政部長宋子文也宣布辭職，于是南京國民政府人財兩空，政府混亂。這樣一來，國