胡適在美期間的要精力也都用在此案上，那段時間胡適寫信交往最多的就是王重民，主要內容是討論《水經注》和委托王重民代為借閱相關書籍。此外，胡適還托當時在哈佛大學的楊聯陞幫忙找書。

1946年1月14日，胡適在寫給張元濟的信中對自己這幾年的“《水經注》案”作了總結，說他盡量收集相關版本，進行對勘，并參考明、清四百年的酈學成績，“始知前輩諸公都不曾用充分時間比勘這五六百萬字的主要案卷，所以都不免‘以理殺人’”。

除了上述研究，胡適還從1944年11月開始，在哈佛大學講了八個月的《中國思想史》。

雖然身處海外，遠離戰爭，但胡適并非“兩耳不聞窗外事”。1944年12月，日軍通過豫湘桂戰役，實現打通“大陸交通線”的目的，國民黨軍隊節節潰敗，國內局勢危急。胡適寫信給美國陸軍總長和財政總長，希望自己熟悉的美國朋友能夠推動美國政府加大對中國的支援。

12月17日，胡適與張伯苓等實業、教育、文化界領袖21人發表聯合宣言，要求盟國修改戰略，并采取有效之軍事行動，在中國戰場打擊敵人。

1945年8月14日，日本宣布無條件投降。胡適在當日給趙元任夫婦的信中開心地說：“我四月尾出門一次，就死了墨索里尼，就死了希忒拉，就結束了歐洲的戰事！八月初又出門一次，就有了原子炸彈，就有了蘇俄對日本宣戰，就有了日本屈服求和！甚矣，夫門之不可不出也！”

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