此時(shí)是外患之際，按理說應(yīng)該團(tuán)結(jié)一致，先對(duì)抗外來敵人。可阮大鋮卻先拿自己人開刀，對(duì)東林黨人大加報(bào)復(fù)。

在南京城破后，阮大鋮投降了清軍。而馬士英因?yàn)榕c阮大鋮交好，所以被一些東林黨的人也說他是投降了清軍，還拿出一些編造的書信來當(dāng)做證據(jù)。

因?yàn)闁|林黨的刻意渲染，還有馬士英在當(dāng)首輔大臣時(shí)確實(shí)也表現(xiàn)不佳，所以他就有了一個(gè)“奸臣”的名聲。至于他是不是為國(guó)而死，人們也都忽略了。

阮大鋮到南京后，隨著馬士英被起用為鳳陽(yáng)總督，成為東南半壁的實(shí)權(quán)人物，并成功擁立福王建立弘光朝廷后，便立即上疏《冒罪特舉知兵之臣阮大鋮共濟(jì)時(shí)艱疏》，舉薦阮大鋮。

這一道疏的名稱很是耐人尋味，一是明知阮大鋮是先皇崇禎的欽定罪人，一旦啟用就是翻案，是對(duì)先皇的不恭；二是這文人一枚的阮大鋮不知何時(shí)成了知兵之人了；三是舉薦其來朝，同舟共濟(jì)，直將這阮大鋮視為大大地忠臣，是能幫助朝廷渡過這艱難歲月的良將。

馬士英作為權(quán)臣，在弘光朝沒有辦不成的事，于是這阮大鋮復(fù)出了，當(dāng)上了兵部尚書。可他恐怕是連個(gè)紙上談兵都談不上之人，而且在當(dāng)時(shí)情況下，也沒哪個(gè)將領(lǐng)能聽他的吧。

那個(gè)時(shí)候的戰(zhàn)況其實(shí)也很有些喜劇，清軍因兵力不足，無力直接南下，而當(dāng)時(shí)大敵是李闖。于是，以吳三桂為首的清軍主力一路向西地追打李自成；而左良玉趁李自成一片石兵敗，借機(jī)收復(fù)其在湖北等地的老巢，所以李自成又向南假打左良玉；但左良玉卻又借口要清君側(cè)，發(fā)檄文討伐馬士英，領(lǐng)兵東進(jìn)，害得南京弘光朝廷又急忙發(fā)兵抵擋，這轉(zhuǎn)著圈地一陣亂打。最后是清軍大舉南下，直赴揚(yáng)州，一日便城破，南京錢謙益等開門迎降？

阮大鋮出逃到金華，因名聲臭而旋即被逐，懷恨在心，于是“潛通降表于清”，并極力討好新主子。薙發(fā)蓄辮，胡服左衽，不顧自己病體，竭力想立功，為清人答應(yīng)他做福建巡撫作好鋪墊，抱病南征，不料途中突然病發(fā)，在仙霞關(guān)仆在一石上就死去了，時(shí)年六十歲。