鄭克臧最終對(duì)這件惡性案件作出了處理，對(duì)犯事的士卒一律梟首。
首級(jí)石灰封存由軍法司帶著傳閱各屯墾駐軍以作警示，同時(shí)責(zé)令軍法司在全軍范圍展開(kāi)巡察，嚴(yán)打此類惡性案件。
讓陳繩武松了口氣的是殿下對(duì)何祐的處理更多地是代表態(tài)度的象征性懲罰，由都督變?yōu)闄?quán)（代）都督，軍銜由護(hù)軍降級(jí)為龍虎將軍，罰俸一年。
鄭克臧最終還是念著馬震當(dāng)初瓊州之戰(zhàn)的功勞和這半年的良好表現(xiàn)，將他的軍銜連降兩級(jí)，跌到了校尉階，職位也由一鎮(zhèn)主將降為副將，鄭克臧為懷威鎮(zhèn)另外指派了一名主將：因?yàn)楦赣H去世丁憂剛滿期的義武鎮(zhèn)主將陳侃。
而陳夢(mèng)瑋直接被失望的鄭克臧免了南鎮(zhèn)撫司指揮使的職務(wù)。
鄭克臧覺(jué)得南鎮(zhèn)撫司在他手上實(shí)在沒(méi)有發(fā)揮應(yīng)有的作用，安排他去了禮部負(fù)責(zé)擴(kuò)建高山番蒙學(xué)的事。
他沒(méi)有采納陳繩武將懷威鎮(zhèn)士卒全部打散的建議，懷威鎮(zhèn)畢竟在茂利的屯墾點(diǎn)開(kāi)墾和煤礦開(kāi)采上立過(guò)功勞。
只因?yàn)閹讉€(gè)犯罪的士卒而要將整個(gè)軍鎮(zhèn)裁撤，不免會(huì)激起這些偽清降卒們的抗拒不滿，容易生亂。
但懷威鎮(zhèn)也不能繼續(xù)留在茂利屯墾點(diǎn)了，鄭克臧最后將其劃到了東軍，移防至澎湖，不再歸何祐指揮而改為受江勝節(jié)制。
而對(duì)陳繩武提出的屯墾地點(diǎn)環(huán)境艱苦，長(zhǎng)久駐扎心生不滿等擔(dān)心，鄭克臧思考良久后決定建立常規(guī)的移鎮(zhèn)制度。
不僅在城鎮(zhèn)駐軍與屯墾點(diǎn)駐軍間定期進(jìn)行換防，在瓊州東寧之間，不同州府、不同屯墾點(diǎn)之間也定期進(jìn)行換防。
在軍事改革之前，因?yàn)橥蛪I(yíng)盤田的存在，使得移鎮(zhèn)換防實(shí)現(xiàn)起來(lái)十分困難。
大家不愿意放棄辛苦屯墾好的田地跟別人換地盤，萬(wàn)一換的沒(méi)自家的好呢。
但在軍事改革后，營(yíng)盤田作為軍隊(duì)公田被剝離出來(lái)，由中央統(tǒng)一進(jìn)行分配，使得換防成為了可能。
這樣一來(lái)既解決了陳繩武所提的長(zhǎng)久駐扎屯墾點(diǎn)易滋生不滿的問(wèn)題，同樣也對(duì)地方手握軍權(quán)的將領(lǐng)如楊彥迪、何祐、邱世寧等人起到制衡作用。
借著這次建立換防機(jī)制的機(jī)會(huì)，鄭克臧采取了陳繩武的建議，對(duì)軍隊(duì)編制和軍職重新統(tǒng)一劃分，以更好地適應(yīng)軍事改革后的明鄭軍隊(duì)。
在軍事改革之后除了中央五鎮(zhèn)以外，各軍鎮(zhèn)正兵基本在一千人左右，輔兵大概在一千五百人左右，鄭克臧重新對(duì)其進(jìn)行了劃分。
首先將陸師劃分為兩個(gè)不同的體系：征討軍鎮(zhèn)與守土軍鎮(zhèn)
按明鄭軍隊(duì)現(xiàn)在的編制，兩個(gè)軍鎮(zhèn)共計(jì)兩千正兵，三千輔兵，其中分派一千五百正兵配一千輔兵劃為征討軍鎮(zhèn)，剩余五百正兵與兩千輔兵作為守土軍鎮(zhèn)。
顧名思義，征討軍鎮(zhèn)負(fù)責(zé)隨時(shí)聽(tīng)調(diào)出征，而守土軍鎮(zhèn)主要負(fù)責(zé)防守本土，在必要時(shí)聽(tīng)調(diào)出征。
而在軍職方面，陸師分為東西南北中五軍，東南西北各軍設(shè)都督一名，都護(hù)兩名分管征伐、守土軍鎮(zhèn)。
各軍下轄軍鎮(zhèn)五至六個(gè)，其中守土軍鎮(zhèn)三至四個(gè)，征伐軍鎮(zhèn)固定兩個(gè)。
中軍不設(shè)都督，由鄭克臧直領(lǐng)，中軍五鎮(zhèn)加上神機(jī)鎮(zhèn)全部為征伐軍鎮(zhèn)，另外各軍還設(shè)有神器營(yíng)（炮營(yíng)）、輜重營(yíng)（保障后勤）、工程營(yíng)、騎兵營(yíng)（暫缺）等獨(dú)立建制軍營(yíng)，與軍鎮(zhèn)同級(jí)。
各軍鎮(zhèn)設(shè)統(tǒng)制一名，副統(tǒng)制兩名，協(xié)統(tǒng)制（參謀官）四名，統(tǒng)管五協(xié)，各協(xié)設(shè)參領(lǐng)一名，副參領(lǐng)兩名，下轄五標(biāo)，每標(biāo)設(shè)管領(lǐng)一名，副管領(lǐng)一名，下設(shè)五隊(duì)，每隊(duì)隊(duì)正一人，隊(duì)副一人，編制為二十人。
同時(shí)各軍鎮(zhèn)還設(shè)有軍法司佐官、南北鎮(zhèn)撫司派遣官等由中央直接任命的輔助軍官。
目前西軍駐扎在瓊州府，都督楊彥迪，防守區(qū)為瓊州北部，南軍駐扎在崖州，都督邱世寧，防守區(qū)為瓊州南部。
中軍駐扎在承天府，東軍駐扎
