忠又利用四川巡撫邵捷春和楊嗣昌之間的矛盾，集中兵力，猛攻邵捷春防守的新寧（今四川開江）。

邵捷春根本沒有想到農民軍如此神速，官軍一觸即潰。農民軍突破新寧防線后，順利地進入了四川。

農民軍的入川，打破了楊嗣昌的圍剿計劃，并在軍事上也從防御轉入了進攻。楊嗣昌剛愎自用，滿以為官軍已把張獻忠、羅汝才等部包圍在鄂、川、陜三省交界地區，勝利在握了。但實際上是面對軍令，從總督到將帥。再到士兵。幾乎是無人去執行。

張獻忠盡量避免與官軍打陣地戰，而采取“以走制敵”的策略，一晝夜能行三百余里，快速流動，常常把官軍搞得顧此失彼，腹背受敵，疲于奔命。

劉元昭看到了機會，農民軍復起，東北關寧軍叛亂，他覺得可以給崇禎再澆把火。

于是蟄伏多年，一直是偏師的西部軍團在劉元昭的命令下對著陜西發起了進攻。

陜西三邊總督鄭崇儉正領兵在四川與張獻忠作戰，陜西空虛，很快就全面陷落了，只剩下潼關在堅守。

鄭崇儉，字大章，山西鄉寧人。萬歷四十四年（1616年）進士。授河南府推官，歷濟南兵備副使。崇禎初，遷陜西右參政，累遷右僉都御史，巡撫寧夏，數敗套寇，因功獲賜銀幣，世蔭錦衣副千戶。

崇禎十二年正月，鄭崇儉升任兵部右侍郎，接替洪承疇總督陜西三邊軍務。五月，張獻忠在谷城起義，羅汝才等九營隨之俱反，興安（今陜西安康）告急。

總理熊文燦請求皇上命令鄖陽巡撫王鰲永防守江陵、遠安，陜西巡撫丁啟睿、四川巡撫邵捷春分別在各自區域內嚴兵防守，鄭崇儉主持提兵合擊。

這時，固原、臨洮、寧夏的三個總兵左光先、曹變蛟、馬科已跟隨洪承疇入衛京師，只有柴時華中途返回甘肅，鄭崇儉調用他而他卻不響應。

鄭崇儉于是傳檄要副將賀人龍、李國奇等從西安出兵。不料，李國奇的隊伍到略陽時發生士兵起哄，搶劫了瑞王的田租。

李國奇當時已提升為陜西總兵官，卻因此事被免去新職，而鄭崇儉也因之被貶官一級。

張獻忠起兵后，在房縣的羅英（犬字旁英）山大敗左良玉的部隊，策劃進入陜西。

鄭崇儉率領賀人龍、李國奇的部隊把他遏制在興安，于是起義軍回奔到位于湖廣、四川交界地帶的興山、太平。

這時，楊嗣昌已經以督師輔臣的名義領兵南下，到熊文燦的軍中取代了他的位置。

在此之前，兵部尚書傅宗龍建議讓鄭崇儉兼管四川的軍隊，而楊嗣昌已經發布檄文要求陜西的軍隊進入四川。

鄭崇儉于是在崇禎十三年（1640年）二月率領賀人龍、李國奇入蜀，會同左良玉在瑪瑙山（今四川萬源境內）大敗起義軍，斬獲首級一千三百三十三個，收降起義軍領袖二十五人，得到不計其數的兵器和馬騾。

雖然鄭崇儉親自指揮作戰而楊嗣昌遠在襄陽，但等到評定功績時，封賞的一半卻歸了楊嗣昌，鄭崇儉只升官一級，不過是恢復以前所降的那一級罷了。

張獻忠失敗后逃竄到柯家坪，四川將領張令在追擊他時被包圍。

鄭崇儉派兵打跑起義軍，賀人龍、李國奇等又一路追擊，在寒溪寺、鹽井擊敗起義軍，先后斬獲一千五百首級。

張獻忠的同伙“順天王”、“一條龍”、“一雙龍”全部投降。

鄭崇儉的軍隊五天內打了三次勝仗，威名大震。后他因為年老體衰請求辭官回家，而朝廷卻不同意，命令他率領鄭家棟回關中，留下賀人龍、李國奇繼續鎮壓起義軍。

陜西一出事，官軍大震，楊嗣昌更是失魂落魄。

不得已，明軍停止追擊張獻忠，鄭崇儉帶著賀人龍等人回守潼關。

陜西失守，明廷上下驚恐。