上奏疏稱“巡撫、巡按，官員當親自巡歷地方，不可推諉給其余將吏，巡撫宜久任，沿邊兵備道官員宜加優待，沿邊同知、通判等官員宜慎選用，破格遷除。”

此刻明神宗朱翊鈞，則回復道“董愛卿所言甚是，邊疆之事重大，若巡撫、巡按，官員不親歷地方專委小官，豈不誤事也！”

但明內閣首輔申時行，等官員卻上奏說“就如陛下所言，邊疆之事全賴巡撫、巡按，官員他們每年巡歷地方，而下人不敢欺騙，自能盡心料理，若巡撫久任，卻不惟人才得以展布，發揮作用，而百姓亦得相安無事。”

明神宗則說“巡撫久任者，寧可加俸加銜，也不行以親故贊其成，非大臣謀國之忠。”

立刻就被明內閣首輔奏辯道“當初陛下閱視此地時，都察院江西道監察御史李大人、都察院河南道監察御史江大人，可并沒有說起此事，若輕易更動乃輔臣召對之典，自孝廟后至是再舉。”

由此引起了明神宗的注意。

6月17日四川都指揮使司敘州府敘南衛建武守御千戶所，參加嘩變的士兵將領，明建武守御副千戶范泰龍、明建武守御千戶所鎮撫使李德，等十余人被殺，并傳首所部兵營。

又有四川承宣布政使司龍安府平武縣楊柳蕃人進犯松潘衛金瓶堡，以及成都府茂州蕃人聯合起來集結成48寨，北上進犯疊溪守御千戶所與疊溪長官使司、普安堡、歸水巖，一帶導致川西震驚。

明四川巡撫雒遵，得知消息后急忙派遣明四川總兵李應祥，率兵前去征討，以防叛軍擴大戰局騷擾軍民。