黨羽一并誅殺，共3萬多官員！稱〈胡惟庸慘案〉后改全國十二個承宣布政使司與京師轄地直屬于六部，布政使品秩改為從三品、參政為從四品。

又以大都督府權力太大了，在廢丞相制度的同時，為防止軍權的過分集中，也廢除了大都督府，改為（中、左、右、前、后）五軍都督府，分別管理京師及各地都司衛所。

五軍都督府各設左、右一名都督（正一品官職）、都督同知（從一品）、都督僉事（正二品）以中軍都督府斷事官為五軍斷事官。

不久又置五軍都督府十衛參軍府，設左、右參軍，之后五軍都督府各設左、右斷事2人，提控案牘1人，為從九品。

明太祖還分封24個兒子為親王爵，除了26子朱楠，早死之外！長子明懿文皇太子朱標、二子明秦愍親王朱樉、三子明晉恭親王朱棡、四子明燕武親王朱棣、五子明周定親王朱橚、六子明楚昭親王朱楨、七子明齊恭親王朱榑、八子明潭文親王朱梓、九子明趙哀親王朱杞、十子明魯荒親王朱檀、十一子明蜀獻親王朱椿、十二子明湘獻親王朱柏、十三子明代簡親王朱桂、十四子明肅莊親王朱柍、十五子明遼簡親王朱植、十六子明慶靖親王朱栴、十七子明寧獻親王朱權、十八子明岷莊親王朱楩、十九子明谷宣親王朱橞、二十子明韓憲親王朱松、二十一子明沈簡親王朱模、二十二子明安惠親王朱楹、二十三子明唐定親王朱桱、二十四子明郢靖親王朱棟、二十五子明伊歷親王朱?，其余朱姓親戚旁支都封為〈郡王爵〉但是皇侄明靖江郡王朱守謙，除外他是郡王爵位卻領著親王俸祿和待遇。