段祺瑞組閣后不久，他接到梁啟超一封信，略云：

“今日之有公，猶辛亥之有項城。清室不讓，雖項城不能解辛亥之危；項城不退，雖公不能挽今日之局。”

然而段是袁一手提拔起來的人，對此，他雖然有同樣認識，可正如他自己所說的，對袁是 “受恩深重”。他是個十足的舊中國軍人，由他自己出面倒袁是萬萬不可以的，他只能是等待護國軍來打倒袁，然后自己以北洋軍系領袖的身份來收拾亂局。

袁世凱其實是打心底不想用段祺瑞，只是沒有別的選擇。正如，當初清廷不管怎樣的不想用他而又不能不用他一樣。但是，袁世凱比不上清廷，清廷可以全權托于他，他卻不能全權托于段祺瑞。

袁世凱和段祺瑞這二人，在這最后關頭仍不能和諧共事，公開的沖突出在國務院秘書長人選上。

段祺瑞需要得力助手，十分想用徐樹錚為國務院秘書長。但因為徐是袁最不歡喜的人，所以段怕當面和袁談此事時弄僵了，便轉托王士珍。

王士珍是個誰也不敢得罪，誰也不肯得罪的人。他當然也知道袁世凱特討厭徐樹錚，又不便對段推辭，就用起了敷衍地“拖”術，過了幾天都沒有下文。

段忍耐不住，就請張國淦代他向袁通融。

張國淦也很為難，但礙于段的面子，猶豫了再三，試探地對袁世凱說：“總.理想自己物色一個院秘書長。”

他的話剛出口，袁的臉色就沉了下來了，“他想用誰？用誰？”

張一看情形不妙，可是總統如此追問，只好勉強地說：“想用徐又錚（徐的別號）以資熟手。”

袁的臉色更難看了，恨聲地說：“真是笑話，軍人總理，軍人秘書長，這里是東洋刀，那里也是東洋刀。”

但是，袁世凱生氣歸生氣，此時不是鬧氣的時候，便又自己轉彎，平下臉色對張國淦說：“你去告訴芝泉（段的別號），徐樹錚是軍事人材，就叫他再任陸軍次長吧！”

他已打定主意，這個秘書長必須用他信得過的人。

張國淦是知道段曾托過王士珍的，這時王士珍也在坐。他偷眼望了望王，只見王臉上毫無表情，就好像完全什么也不知道，心里想王真有道行，不愧是“北洋三杰之龍”。

張國淦從袁處出來，立刻就去見段，他當然不把袁那些難聽的言語和難看的臉色告訴段，只把袁要徐樹錚做陸軍次長的話講了出來。

他的話還沒有講完，就見段猛地把桌子一拍，隨手把銜在嘴中的煙斗使勁地扔在地板上，臉色的難看超過了袁。

吼道：“怎么，到了今天，還是一點都不肯放手嗎！”

最后的結果，袁指定的王式通擔任秘書長，不過折衷辦法由徐樹錚為幫辦秘書，就是副秘書長。

段祺瑞這時才知道，在袁世凱這里，責任內閣不過是個虛名，自己堂堂內.閣.總.理連國.務.院秘書長都不能派。

但是，段祺瑞還是想有所作為，大干一番,只是事與愿違。

他上臺所辦的第一件大事，是下令中國、交通兩行停止兌付現金。

出這個主意的人是梁士詒，梁是民國初年財政巨頭，交通系領袖。段、梁兩人關系極好。段上臺后，認為收拾袁的殘局必先整頓財政，所以找梁請教。梁把當時財政內幕全盤托出，并將中國、交通兩行實際情形亦告訴了段。

梁說：中、交兩行流行市面的鈔票有七千余萬元，而庫存只有二千余萬元，放出的商款約二千萬元，歷年貸給政.府的有四千萬元，目前如果要維持應發的軍政各費，又借不到內債或外債，則只有增發鈔票一途。增發鈔票通貨膨脹，可能發生擠兌，局面將不堪收拾。段認為巧婦難為無米炊，只有冒險一途，騰出時日，整理兌現。

段祺瑞雷厲風行，遂于五月十二日由國務