艦隊司令饒懷文為海軍總司令，并以林頌慶為第一艦隊司令，杜錫珪為第二艦隊司令。

七月二十五日段內閣決定，廣東省長朱慶瀾和廣西省長劉承恩對調。朱慶瀾以廣東自主為理由，拒絕接受這個命令。

廣東在當時的西南，是政治和軍事中心。段祺瑞深知，丟掉廣東，后果是很嚴重的。

當時北洋派勢力已占領了福建和江西，這兩省和廣東毗連。段打算拿這兩省當作進攻廣東的跳板，同時從海道運兵在廣東沿海地區登陸。

江西督軍陳光遠是直系，直、皖兩系對于向南方用兵意見不一致。段祺瑞想對廣東用兵，便只剩下湖南這條路了。

廣東內部一直不穩，幾種勢力明爭暗斗。桂系軍人陳炳焜是廣東督軍，自居于統治者地位，但是省長朱慶瀾也有兵權，他統率警衛軍及地方派軍人。

督軍和省長對立，桂系軍人和廣東地方派軍人對立。

另外，在北江還有滇軍兩師兵力駐防，由李烈鈞率領，是國民黨的基本武力。

廣東地方派軍人有時和國民黨聯合以對抗桂系，有時又在南方與北方之間、國民黨和桂系之間搖擺不定。

兩廣是在督軍團叛變和國會被解散時宣稱“自主”的。北京復辟時，桂系便高喊出兵，不過實際上卻沒有行動，主要是想借機以統一廣東的軍權。

駐粵滇軍以及朱慶瀾所屬的警備軍也想北伐，但是桂系不肯給予軍事裝備。李烈鈞事后曾指責陸榮廷，說他故意躲在家鄉武鳴裝病，坐失北伐良機，讓段祺瑞重登政壇玩弄一切。

廣東的桂系既然是統治者，對于滇軍和地方武力是不給軍費的，逼得駐防各縣的地方軍紛紛就地籌餉。

朱慶瀾以省長名義發行救國公債，滇軍則提印花稅甚至扣留鴻安公司的鴉片以充軍費。桂系便以此為理由打擊滇軍和朱慶瀾。

桂系所搞的自主，充其量是半獨立，甚至是一種投機。對于段祺瑞和馮國璋，他們采取聯馮倒段的策略。因為是半獨立，對于北京政府的命令便根據自己的需要來決定是否執行。

孫中山到廣州后不久，廣東督軍陳炳焜便趕到梧州，請示陸榮廷如何應對。

陸指示他抗拒孫會惹大反感，當務之急是排斥朱慶瀾，把地方武力奪過來。

陳心領神會，返回后即策動肇陽羅鎮守使李耀漢驅逐朱，以省長職位餌李。

朱在李耀漢的壓迫下向省議會辭職，并要求準予將省長親軍二十營交給陳炯明接管。這批親軍朱是從龍濟光手上接收過來的，當時有兵額四十營，接收后編為省長直轄的地方保安部隊。其后被陳炳焜分出二十營，余下的編為“省長親軍”，由陳炯明為司令。

朱的想法是把這批親軍改編為海軍陸戰隊，仍以陳炯明為司令，名義上則屬于程璧光的海軍節制，以免落入桂系手中。

八月二十日朱慶瀾把省長大印交給省議會，根本不理睬陳炳焜就去了香港。陳大為憤恨，當天在布告中說他是“私人出走，有心擾亂治安”。

八月二十八日廣東省議會選舉胡漢民繼任省長，省議會選胡的理由是因為胡做過第一任廣東都督。

桂系當然持反對態度，陳炳焜派人到省議會搶了省長大印，且以督軍命令接收了省長親軍。此前，陳炳焜早已向北京政府保舉李耀漢為廣東省長。

段內閣看到廣東這個宣布自主的省區，能承認北京政府的人事任命大權，自是喜出望外。他巴不得桂系和國民黨矛盾激化，唯恐廣東天下不亂。

于是，北京政府于八月三十一日,正式命令李耀漢為廣東省長兼肇陽羅鎮守使。

在國民黨來說，當時最重要的工作是召集非常國會，因此自不愿在省長問題上與桂系鬧翻，寧愿拿省長來交換桂系對組府問題不加干涉。于是,胡漢民向省議會辭謝省長，舉李