其家口常隨其謀業(yè)地點(diǎn)的變更而流徙不定。

乾隆四十八年（1783年），章學(xué)誠(chéng)客寓北京，身患重病。幸虧同鄉(xiāng)邵晉涵將他接至家中，延醫(yī)治療，得以不死。

邵晉涵也是一位著名學(xué)者，自十幾年前與章學(xué)誠(chéng)相識(shí)后，兩人意氣相投，這次病中，“常與論學(xué)，每至深夜”。兩人皆有意重修《宋史》，章學(xué)誠(chéng)明確提出要將“以班馬之業(yè)而明程朱之道”作為立言宗旨 。此年，他的著述中一個(gè)值得注意的特點(diǎn)，就是較為深入地從哲理上探討學(xué)術(shù)源流和治學(xué)風(fēng)格問(wèn)題，寫出了《言公》《詩(shī)教》《與朱滄湄中翰論學(xué)書》等重要論著。

乾隆五十二年（1787年）冬，章學(xué)誠(chéng)謁見(jiàn)河南巡撫畢沅，受到厚遇。次年初，由章學(xué)誠(chéng)主持開(kāi)局編輯《史籍考》。

編輯此書是章學(xué)誠(chéng)的一大學(xué)術(shù)宿愿，目的是全面整理、總結(jié)歷代史籍。但此舉規(guī)模宏大，非一人所能勝任。此時(shí)依傍畢沅，人力、物力皆為充備，著名學(xué)者如洪亮吉、孫星衍、武億等人均被邀請(qǐng)參與。除主持編輯《史籍考》外，章學(xué)誠(chéng)還被安置于歸德府（府治在今河南商丘）文正書院主講，他用余暇重新修訂了《校讎通義》一書。經(jīng)過(guò)這次精心更定，章學(xué)誠(chéng)的目錄學(xué)思想在此書中得到了更加充分的表達(dá)。

由于畢沅赴任湖廣總督，章學(xué)誠(chéng)隨即失去文正書院講席，攜家離開(kāi)河南。從乾隆五十三年（1788年）下半年到次年上半年，他輾轉(zhuǎn)于安徽亳州（今亳縣）、太平（今太平縣）、安慶之間，雖一時(shí)困厄，但學(xué)術(shù)上進(jìn)展很大。乾隆五十四年（1789年）四月十一日至五月初八，近一個(gè)月之內(nèi)著文二十余篇，從哲理上探索學(xué)術(shù)史、治學(xué)宗旨、治學(xué)途徑和學(xué)風(fēng)問(wèn)題，將自己的主張予以理論性的論證和闡發(fā)，其中《原道》《原學(xué)》《經(jīng)解》《博約》《史釋》等篇，皆為《文史通義》中的精粹。

乾隆五十四年（1789年）秋，章學(xué)誠(chéng)應(yīng)知州裴振的邀請(qǐng)編修《亳州志》，次年二月撰成。他自己對(duì)《亳州志》十分滿意，認(rèn)為“近日撰《亳州志》，頗有新得……義例之精，則又《文史通義》中之最上乘也” 。從此，他確立了方志立“三書”的體例，即“志、掌故、文征各成一書，相互輔佐，志的部分體現(xiàn)作者的別出心裁，掌故收編一方典章，文征匯集一方文獻(xiàn)”，從而解決了方志學(xué)術(shù)性與資料性的矛盾。這樣，章學(xué)誠(chéng)的方志學(xué)理論已趨于成熟。

《亳州志》修成的當(dāng)年，章學(xué)誠(chéng)離亳州赴武昌，依附畢沅繼續(xù)編輯《史籍考》，并參與了畢沅《續(xù)資治通鑒》的編纂。從乾隆五十五年（1790年）至乾隆五十七年（1792年），《答客問(wèn)》《史德》《方志立三書議》《書教》等接踵而成，標(biāo)志著章學(xué)誠(chéng)已形成自己的史學(xué)理論體系。

章學(xué)誠(chéng)還鄉(xiāng)時(shí)已經(jīng)五十七歲，離鄉(xiāng)四十余年，歷盡艱辛。家中沒(méi)有什么資產(chǎn)，只是“藏書甚富”而已。

但他并未從此居家過(guò)安定生活，不久又出游揚(yáng)州、安慶、桐城等地，其中一個(gè)重要的目的就是想尋取支持以便完成《史籍考》。

這部巨著在湖北武昌借助畢沅之力，已完成十之八九，因畢沅遭貶謫而中斷。嘉慶三年（1798年），他在杭州靠謝啟昆支持重新修訂，編成三百二十五卷，但此書終于未能流傳，僅有草創(chuàng)時(shí)的《論修史籍考要略》和成書時(shí)的《史考釋例》二文以及《史籍考總目》留存至今。

嘉慶五年（1800年），章學(xué)誠(chéng)因眼病失明，仍堅(jiān)持著述，直至病逝。