甲午戰(zhàn)爭(zhēng)以1894年清光緒二十年7月25日豐島海戰(zhàn)的爆發(fā)為開(kāi)端，至1895年4月17日《馬關(guān)條約》簽字結(jié)束。
最終，清朝政府和日本明治政府于1895年4月17日光緒二十一年三月二十三日在日本馬關(guān)今山口縣下關(guān)市簽訂《馬關(guān)條約》。
根據(jù)《馬關(guān)條約》規(guī)定，中國(guó)割讓遼東半島后因三國(guó)干涉而未能得逞、臺(tái)灣島及其附屬各島嶼、澎湖列島給日本，賠償日本2億兩白銀。中國(guó)還增開(kāi)沙市、重慶、蘇州、杭州為商埠，并允許日本在中國(guó)的通商口岸投資辦廠(chǎng)。
《馬關(guān)條約》簽訂的消息傳到國(guó)內(nèi)，中國(guó)的失敗、不平等條約的簽字，深深刺痛了蔡元培這位青年知識(shí)分子的心。
個(gè)人正春風(fēng)得意之時(shí)，國(guó)家卻面臨滅頂?shù)奈ｋy，蔡元培還沒(méi)來(lái)得享受功名帶來(lái)的榮耀、施展?jié)M胸的才華，就值逢國(guó)家傾危的巨禍。巨大的反差，對(duì)蔡元培的刺激是無(wú)可言表的。
國(guó)家興亡匹夫有責(zé)，何況蔡元培這樣的深懷家國(guó)憂(yōu)患的熱血學(xué)子呢！他再也無(wú)法安心地正襟安坐于朝堂之上，閑散優(yōu)游于詩(shī)酒酬對(duì)之中。我們從蔡元培青年時(shí)的一些作為中也大致可以看到，這是一個(gè)深深把濟(jì)世情懷、忠孝信義的儒家品質(zhì)寫(xiě)入靈魂深處的人，這樣一個(gè)人，怎會(huì)只關(guān)心個(gè)人寵辱而把世事的安危置之度外。
蔡元培認(rèn)為，甲午戰(zhàn)敗乃是中國(guó)數(shù)千年歷史上前所未有的奇恥大辱，“聚鐵鑄錯(cuò)，一至于此，可為痛哭流涕長(zhǎng)太息者也”。他說(shuō)，“韓、魏于秦，宋于金，不如是之甚也”，就是說(shuō)，他認(rèn)為這個(gè)馬關(guān)條約簡(jiǎn)直比戰(zhàn)國(guó)時(shí)期韓、魏屈事于秦，南宋屈事于金更加讓國(guó)人屈辱。他譴責(zé)清王朝的治下“疆臣跋扈，政府阘茸，外內(nèi)狼狽，虛疑恫愒，以成煬灶之計(jì)，聚鐵鑄錯(cuò)，一至于此”。
1894年底，李慈銘因病逝世，李家南歸，蔡元培移居北京城南半截胡同的紹興會(huì)館。
甲午戰(zhàn)爭(zhēng)的慘敗，促使已近“而立之年”的蔡元培重新思考許多問(wèn)題。而“甲午之后，朝士竟言西學(xué)”的大氣候，也推動(dòng)著他開(kāi)始如饑似渴的攝取新學(xué)。
1895年夏開(kāi)始，許多朝中官員，特別是主戰(zhàn)的清流們，憤于《馬關(guān)條約》的簽訂，紛紛請(qǐng)假離京返里。這一年的秋天，蔡元培也向上司乞假回鄉(xiāng)一年。
歸家途中，元培特赴南京，拜謁了他心儀已久名滿(mǎn)天下的兩江總督張之洞。張之洞對(duì)這以“怪八股”著稱(chēng)的后起之秀也很高看，接待他時(shí)，正巧康有為會(huì)試時(shí)的房師余誠(chéng)格也在場(chǎng)。他們很自然地談到了康有為。
讓蔡元培有些意外的是，張之洞這位封疆大吏能對(duì)康大加贊揚(yáng)，說(shuō)他“才高、學(xué)博、膽大、識(shí)精，許為杰出的人才”。
蔡元培素來(lái)敬佩這位張香帥的見(jiàn)識(shí)， 對(duì)他贊楊康有為的話(huà)印象深刻。
此前，蔡元培曾以讀書(shū)人的眼光，對(duì)康有為的《新學(xué)偽經(jīng)考》很不以為然，但對(duì)康有為不久前的公車(chē)上書(shū)的壯舉十分贊佩。從與張之洞的談話(huà)中， 蔡元培深切的感悟到，甲午之后中國(guó)的社會(huì)正在發(fā)生著的變化。
1896年，在故鄉(xiāng)紹興閑賦的一年里，蔡元培的讀書(shū)興趣完全轉(zhuǎn)到了西學(xué)上，特別關(guān)于日本這幾十年是如何強(qiáng)大起來(lái)方面的讀物。
此前，在甲午戰(zhàn)爭(zhēng)進(jìn)行之時(shí)，他就已經(jīng)研讀了顧厚琨的《日本新政考》和李小池的《環(huán)游地球新錄》等書(shū)，這一時(shí)期，他又先后閱讀了日本岡本監(jiān)甫的《日本史略》、沈仲禮的《日本師船考》、鄭觀應(yīng)的《盛世危言》、梁?jiǎn)⒊摹段鲗W(xué)書(shū)目表》和《讀西學(xué)書(shū)法》、華蘅芳的《算草叢存》、以及《游俄匯編》、《電學(xué)源流》、《電學(xué)綱目》、《光學(xué)量光力器圖說(shuō)》、《聲學(xué)》、《代數(shù)難題》、《幾何原本》、《農(nóng)學(xué)新法》、《支那教案論》、《西學(xué)啟蒙》、《日清戰(zhàn)史》、《生理學(xué)》、《進(jìn)化新論》等等。
在這些書(shū)籍中蔡元培看到的，幾乎
