進入1898年，京城內的維新變法的氛圍愈加濃烈，此時的蔡元培已經不能滿足于只讀中譯本的書籍，他想直接看外文書。

這時候，他的好友及同科舉子，在總理衙門任職的張元濟，在琉璃廠開設了通藝學堂，專授英語。他開始本來是決定去學的，不久他的另一個友人劉樹屏，在內城設立了專修日文的學堂。想到從文字角度，中國人學日文要容易得多，西文要籍均有日文譯本，他最后選擇了后者。

借助劉樹屏的學館，他與好友王式通等成立了“東文學社”，聘師輔導。因為學日文不是為了語言交流而在于讀書，他干脆徑直借用中日詞典，邊學邊試著將日文書譯成中文。先后翻譯了《萬國地志》序及《俄土戰史》的部分章節，收到了事半功倍的效果。雖然對講日語很生，但在文字上很快便“文從自順”。

在以后的日子里，譯日文的本領，竟成了他得心應手的技藝，也使他終身受益。

這一年，發生了撼動中國的政治大事件——“戊戌變法”。

戊戌變法，也稱百日維新、維新變法、維新運動。

我們在前邊說過了，1898年6月11日，以光緒皇帝頒布“明定國是”詔書為標志，變法正式開始。變法期間，光緒帝先后發布了一系列的變法詔令，除舊布新。

其主要內容是改革政府機構，裁撤冗官，任用維新人士；鼓勵私人興辦工礦企業；開辦新式學堂吸引人才，翻譯西方書籍，傳播新思想；創辦報刊，開放言論；訓練新式陸軍海軍；科舉考試廢除八股文，取消多余的衙門和無用的官職。

也正如本書前面所說，主持變法的是一幫書生，不是做事的人，不知道做事難。所謂書生意氣，以為只要有皇帝發號司令，只要他們想變，就什么都能變。在一百天多一點的時間里，光緒皇帝和康有為、梁啟超、譚嗣同等人，一共頒布的新政的詔令和諭旨，就有一百八十多個。

本來，執掌實權的慈禧太后對于維新變法開始還冷眼觀之。但一眾熱血的維新派這時頭腦發熱，竟異想天開的想要把慈禧太后和反對維新變法的官僚們一舉從權力的中心踢出局，使年輕皇帝光緒真正親政。慈禧太后當然不能坐以待斃。

1898年9月21日，慈禧太后等發動政變，光緒帝被囚至中南海瀛臺。腥雨欲來，聞訊的維新派中，康有為、梁啟超分別遠循法國、日本。唯有譚嗣同寧死不逃，愿以性命喚醒國人，與康廣仁、林旭、楊深秀、楊銳、劉光第共6人被清廷問斬于北京菜市口刑場。中國上層政治變革“百日維新”宣告失敗，前后僅僅歷時103天。

“戊戌六君子”的死極大地觸動了蔡元培。他對維新人士的精神當然是感佩有加的，這些同齡人的那一腔熱血和犧牲的精神，以及他們所胸懷的抱負喚起了他的強烈共鳴。

對于一身俠氣的譚嗣同，蔡元培更是格外佩服，他幾年后的一封信中還念念不忘地寫下了這樣的話“蓋元培所慕者，獨譚嗣同耳。苦康、梁之首事而逃，經元善之電奏而逃，則固所唾棄不屑者也，況其無康、經之難而屑屑求免也乎。且夫避禍者，所以求生也。充求生之量，必極之富貴利達。”

無論從哪方面來說，蔡元培都應當是堅定的維新派。讓人不解的是，他本人幾乎沒有參與維新變法的什么活動，因此也就沒有受到牽連。

有人經過一番研究，得出原因為以下兩個

其一，在“戊戌變法”前后，維新派的人士在先進的知識界以及朝廷中，可謂風光一時。由于梁啟超與譚嗣同等人當時在社會上知名度已經很高了，假使真的變法成功，從權位上來說，將是未來朝堂上炙手可熱、翻云覆雨的人物。質樸而耿介的蔡元培不愿被世人說自己“攀龍附鳳”，讀書人的孤傲和自尊，使他“恥相依附，不往納交”而敬而遠之。特別是看到有些新派人