訴我，閃電是陰電和陽電撞擊的結果，并不是電神的鏡子里發出來的閃光；雷的成因也相同，并非雷神擊鼓所生。這簡直使我目瞪口呆。

“從基本物理學我又學到雨是怎樣形成的。巨龍在云端張口噴水成雨的觀念只好放棄了。了解燃燒的原理以后，我更放棄了火神的觀念。過去為我們所崇拜的神佛，像是烈日照射下的雪人，一個接著一個融化。這是我了解一點科學的開端，也是我思想中怪力亂神思想的結束。“

可見當時的中國，科學知識方面的落后，也足以證明，蔡元培正在進行著的事業是何等的偉大。

鑒于當時學堂教術不一，課本不定。蔡元培模仿外國學堂評議之例，于1899年11月發起組織紹興府學堂學友會。集合有志之士，推動紹興地區的教育改革。

學友會相約，凡“已通國文溥通學，而究心教術，不沾沾于利祿者”，均引為同志。

規定學友權責為

一、對學堂辦事授業章程“有歡成糾正之責”；

二、學友有志學習算學及外國語者，可住學堂，并可不付膳金，但須為學堂編寫教科書，或任檢束學生之責；

三、住學堂的學友須以每月15日在學堂集議，無論遠近，都須到會；

四、學友住學堂而自愿編寫教科書，書成，經各學友評議，足為善本者，即由學堂出資付刻，但仍署編者名。

這注定是個做大事的人。在任紹興中西學堂總理的兩年里，蔡元培不僅僅是在努力做個稱職的校長，還時刻關心著整個紹興地區，乃至放眼天下，心系浙江、全國的教育。

同年12月，蔡元培撰寫《紹興推廣學堂議》一文，努力宣傳其教育救國的主張。

指出“由今之道，毋變今之俗，雖薈千圣之粹言，臚五洲之良法，為拙御易車，為拙庖更刀，必無濟矣。且今天下志士，所抵掌奮譚，為保國強種之本者，非學堂也哉。”

他呼吁紹興所屬八縣改變各自為政的做法，籌集紹興八縣公款，統一興辦學校。在府城設高級、中級學堂各一所，各縣城均設一初級學堂，為本省和全國的教育改革樹一模范。

但是，革新的路不會是平坦的。在中西學堂的校長任上，時間一長，蔡元培這位翰林校長就幾乎快把舊派人士們全給惹惱了。

中西學堂里所聘用的教授西學的教員，如馬用錫、杜亞泉、胡道南等人，由于受西方思想影響，常常會在課堂上向學生們灌輸“民權”、“女權”等當時世界上的流行的思想和主張。對“君尊民卑”“男重女輕”等傳統觀念大加駁斥，有時甚至激烈地主張革新政治、改良社會。這樣一些言行，很自然的引起校內另外一些傳統守舊派教員的強烈不滿，新舊思想的碰撞是不可避免的。

比如，每天午餐飯桌上，學堂的教員們聚在一起難免談及社會風俗和當下的時政。這時，新派的教員就顯得人多勢眾、氣勢囂張，他們既沖動而又富于激情。相較之下，傳統派的教員就顯得勢單力薄，拙于應對，每每在和新派教員的辯論中居于下風，在學生面前也就大失面子。

面對新派的囂張氣焰，守舊派的教員們很不甘心，他們認為這是由于蔡校長引進新課目、縱容新風氣導致的結果。便跑去向校董徐樹蘭告狀，尋求支持。

徐樹蘭雖然是個開通之人，但在總體上還是傾向傳統派的。對學校的情況不能說完全不知情，也不能沒有自己的看法，只是礙于蔡元培是自己請的，又那么努力的做事，而不便干涉。聽了這些人的話，感覺到后果是很可怕。特別是戊戌變法的被取締，造成的一種恐怖的氣氛之下，不能不有所顧忌。

庚子年1900正月二十六日，他給蔡元培寫信，要求蔡元培將當月二十一日清廷的一道有關“正人心”的“上諭”抄錄，并掛到學堂的禮堂中。

這則“