特科班共有學(xué)生近四十人，年紀(jì)在二十至三十之間，其中已有功名者不乏其人。蔡元培在特科班采用了一種書院式的教學(xué)法，即，由學(xué)生自由讀書，每天要寫札記送他閱批；每月終由他命題考試一次，評定成績，然后送學(xué)校總理鑒定。

1901年9月21日，蔡元培親擬《南洋公學(xué)特科班學(xué)習(xí)辦法》。

規(guī)定每天上課的7小時(shí)之外，學(xué)生可隨意看書，對于閱讀時(shí)的心得和疑義可做筆記，與札記一同呈交；札記須每七天一篇。

為指導(dǎo)學(xué)生，蔡元培親自寫下他認(rèn)為的各門類科目應(yīng)讀的參考書及讀書的次序，然后由學(xué)生們根據(jù)自己的志趣，選擇其中的一門或幾門科目按他所開列的書目按順序閱讀。此外，蔡元培還每天晚上輪流召兩三名學(xué)生到他的寢室進(jìn)行個(gè)別談話，或向?qū)W生發(fā)問、或讓學(xué)生自述學(xué)習(xí)的心得、或一起座談對時(shí)事的感想。

特科班在教學(xué)內(nèi)容上，把西學(xué)放在很重要的位置。其功課分前后兩期，各學(xué)三年。前期功課有英文語法，數(shù)學(xué)中的代數(shù)、幾何、三角，物理，化學(xué)；后期功課還加上地理、史學(xué)、政治學(xué)、經(jīng)濟(jì)學(xué)、邏輯學(xué)等。

蔡元培在講學(xué)過程中，在大力提倡西學(xué)的同時(shí)，注意引導(dǎo)同學(xué)們進(jìn)行中西比較。他為特科班學(xué)生所出的作業(yè)題目，多關(guān)政治、法律、道德、哲學(xué)、教育、時(shí)事等問題。

據(jù)蔡元培日記中所記，他給學(xué)生出的題目先后有

“《論史事為人類進(jìn)化之資藉》、《讀道學(xué)家書分德行與性理兩類說》、《原法》、《論土耳其受保護(hù)于英之利弊》、《論罰鍰》、《論英國保護(hù)土耳其之得失》、《日本維新名士多出于陽明學(xué)派說》、《論信陵、平原、孟嘗、春申四君與其國之關(guān)系》、《律有自首免罪以公理證明之》、《擬外務(wù)部大臣移葡萄牙外部長書》、《宋明道學(xué)家同出孔子，而有宗教質(zhì)性與哲學(xué)質(zhì)性之不同試概論之》、《論秦漢重農(nóng)抑商》、《論刑逼招供之非理》、《論法人占土耳其彌低偏海島》、《宋儒論性有文理氣質(zhì)兩種然否》、《游俠平議》、《殷法刑棄灰于道辨》、《評英特之爭》、《俄皇大彼得遺訓(xùn)于五條為彼國二百年來外交政策之方針其中有已實(shí)行者試條舉以證之》、《論監(jiān)禁與放流兩刑用意之異同》、《程正叔論寡婦再醮之非謂餓死事不小失節(jié)事大然再醮即失節(jié)乎以公理斷之》、《論者謂民智末開不能設(shè)議院然否？》、《外人目我為君權(quán)無限辨》、《揭唐律今律之大不同而有關(guān)系者評其得失》、《論國家彩票富簽票之弊并陳籌還外債之策》、《論強(qiáng)國對弱國不守公法之關(guān)系》、《希臘蘇格拉第有知即德之說試申引之》、《論教育之關(guān)系》、《憲法精理著人民權(quán)利十三條以我國現(xiàn)行法制比較其違合之度》、《新民叢報(bào)公民自治篇舉廣東人自治之成績各任其例以所居本省之事證之》、《論立法、司法兩權(quán)分立之理》、《論國際公法之性質(zhì)可以國家學(xué)中之民約論證明之》、《論改定鹽法及抵制洋鹽進(jìn)口之策》、《斯賓塞爾言謬誤事中自有真理，試以所知之事證明之》、《普之勝法毛奇將軍歸功于小學(xué)校教育試論其理》……”

從這些作業(yè)題目中，可以清楚地看出，蔡元培所倡行的新式學(xué)風(fēng)關(guān)注的范圍和研究的方向。在這里，學(xué)習(xí)不僅已經(jīng)不再是傳統(tǒng)地“兩耳不聞窗外事，一心只讀圣賢書”，也不再是坐而論道，而是具有強(qiáng)烈的現(xiàn)實(shí)意義和實(shí)用性。這其中的一些課題，其意義之深遠(yuǎn)，即使放在今天來探討也并不過時(shí)、陳舊。

從這些作業(yè)題目中，也可以強(qiáng)烈感受到，一個(gè)優(yōu)秀的知識分子具有的先見和透過時(shí)空的智慧。更能看到，蔡元培在教學(xué)上是如何的殫精竭力。

為使學(xué)生們更好更快地了解各種西學(xué)知識，蔡元培在南洋公學(xué)里還十分重視外語的教學(xué)。

他曾對特科班的同學(xué)們說“現(xiàn)在中國被各國欺侮到這地步，知彼知己，百戰(zhàn)百勝，我們要知道自己弱點(diǎn)