說《新年夢》，痛罵清朝統治者“厚臉皮”，是“糊涂東西”，呼吁國人推翻滿清政府的封建統治，驅逐帝國主義勢力，收復被侵占的國土，最終造就一個強大的新中國。

沒有錢辦不成事，為籌措辦報以及其他革命活動的經費，一天，蔡元培啟程前往南京籌款。當來到碼頭正準備上船時，忽然傳來消息他的大兒子在家中病死了。聽到這個大不幸的消息，作為父親的蔡元培心如刀割。但蔡元培強忍內心的悲傷，家也不回，毅然登船而去向古城南京進發，三天后如愿借得六千元而歸。

辦《警鐘日報》的時候，蔡元培不僅剪掉了辮子，也不再穿舊式的長袍馬褂，而改穿新式的德國裝即中山裝，外套一件藍色棉大衣。冬天的上海天氣非常寒冷，報紙的編輯室里又大又空，也沒有火爐。張羅報紙出版的蔡元培右手凍瘡潰裂，腫得像個大饅頭，他只好在右手上套一個半截露指的手套，左手放在大衣口袋，一邊發抖、一邊給報紙寫文章。蔡元培每天晚上必須趕在出版之前寫兩篇報紙評論，一篇是文言的，一篇是白話的。

編輯所的印刷、發行乃至于辦公人員的伙食、種種開銷，這些繁瑣的事情蔡元培都得操心。到了過年時，蔡元培發現編輯所里的賬上一分錢都沒剩，只好向人借了一串珠子讓同事拿到典當鋪子去抵押換錢。結果，典當鋪的老板說珠子是假的，只能當一元錢，讓他大失所望。這樣一來，大家也就只好不過年了。

但最讓蔡元培著急的還是報紙的銷路和影響力。為多賣報紙，他讓一位工人老鄉背著一面旗子，上面寫著愛國標語，或畫上愛國漫畫，然后手里敲著一面小鑼，帶著報紙到街上叫賣。這種新奇的促銷手段倒也有效，每天居然比平日能多賣出一二百份報紙。蔡元培非常高興，用他家鄉的紹興話直夸這位工人“真弗錯氣”真不簡單的意思。

1903年夏，清政府逮捕章太炎和鄒容，查封《蘇報》，制造了轟動一時的“《蘇報》案”。

《蘇報》聘請章太炎、蔡元培為撰稿人，報道各地學生的愛國運動。以后，《蘇報》又陸續刊登了許多激烈地宣傳革命的文章，旗幟更為鮮明。當時，鄒容的《革命軍》在上海出版，章太炎的《駁康有為論革命書》也公開發表。章太炎在《駁康有為論革命書》中，尖銳地批判了康有為的中國只能改良，不能革命的謬論，并把矛頭直接指向清王朝光緒皇帝。這兩篇極其犀利的革命文章問世之后，立即產生了很大的影響?！短K報》節錄了《駁康有為論革命書》中，痛罵清朝統治者和揭露康有為改良主義奴顏婢膝的一段文字發表，并發表文章，介紹《革命軍》的內容，向讀者推薦《革命軍》。

這些激烈的革命宣傳和它所產生的影響，使清政府感到極大的恐慌和震怒，清政府采取鎮壓手段，下令封閉《蘇報》，逮捕章太炎、鄒容等人。

由于《蘇報》社設在租界內，清政府便請求帝國主義幫助鎮壓。1903年6月29日，清政府勾結上海公共租界工部局，查封了《蘇報》，逮捕了章太炎。鄒容激于義憤，自動投案。章太炎、鄒容在會審的時候慷慨陳詞，堅持斗爭，使《蘇報》案成為當時轟動國內外的政治事件。最后，租界法庭判決章太炎3年徒刑，鄒容2年徒刑，并禁止中國人在租界內辦報紙宣傳革命和出版革命書籍。

章太炎、鄒容在監獄中，仍然堅持斗爭。章太炎在獄中寫了《答新聞報記者問》，在這篇文章中滿懷信心地說“四萬萬人民都會同情我們，而公理一定會戰勝的”。他在獄中還參與組織江浙革命組織“光復會”的籌劃工作。鄒容在監獄生活的折磨下，不幸病故，年僅21歲。1906年章太炎刑滿出獄。

蔡元培不顧個人安危，每月都到監獄去探望鄒容和章太炎。鄒容在監獄病死，悲痛的蔡元培積極參與辦理他的喪事、舉行追悼大會。

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