在德游學(xué)時期，是蔡元培潛心治學(xué)、辛勤筆耕的黃金期。他在這里進(jìn)一步形成良好的西方學(xué)術(shù)修養(yǎng)，攝取各類學(xué)術(shù)精華，又以深厚的國學(xué)底蘊(yùn)，形成了對東、西兩大文明的獨特認(rèn)知，這為他后來回國后領(lǐng)導(dǎo)和革新全國性的文化教育事業(yè)，奠定了思想和學(xué)術(shù)基礎(chǔ)。

蔡元培以“爬格子”的方式半工半讀，在這一期間編著了《中學(xué)修身教科書》，編寫了《中國倫理學(xué)史》，翻譯了《倫理學(xué)原理》。這些著作奠定了蔡元培在中國學(xué)術(shù)和教育界的地位。

《中學(xué)修身教科書》共五冊，前兩冊1907年12月初版，后三冊1908年3月初版。

此書如蔡元培所說“悉本我國古圣賢道德之原理，旁及東西倫理學(xué)大家之說，斟酌取舍，以求適合于今日之社會。”

早期的修身教科書，一類翻譯自日本、歐美的修身與倫理教科書，重西學(xué)輕傳統(tǒng)，未能很好地適應(yīng)國情另一類則為國人自編，幾乎都是以傳統(tǒng)經(jīng)學(xué)為基礎(chǔ)，固守忠孝仁義，缺乏先進(jìn)的民主思想。對當(dāng)時已經(jīng)逐漸融入現(xiàn)代社會的中國教育來說，這兩類修身教科書都顯得很不適應(yīng)。

因此，由上海商務(wù)印書館出版的《中學(xué)修身教科書》，就顯得格外引人注目。該書中西結(jié)合、兼容并包，一方面對中華傳統(tǒng)倫理批判繼承，另一方面對西方先進(jìn)思想辯證吸收。其中對“愚孝愚忠”的批判，對儒家經(jīng)學(xué)教義的揚(yáng)棄，對公義、公理、公德，自由、平等、博愛等現(xiàn)代民主理念的提倡，都在一定程度上促進(jìn)了國民文化啟蒙和思想解放，也為后來民國修身教科書及公民教育教科書的編寫樹立了一個標(biāo)桿。

“修身、齊家、治國、平天下”，這是傳統(tǒng)儒家對于個人修身的最高要求，也是每個儒家子弟窮其一生來追逐的理想境界。蔡元培在編寫《中學(xué)修身教科書》時，前四冊書分別以“修己”、“家族”、“社會”和“國家”來命名。很顯然，他希望中國人繼續(xù)堅守“修齊治平”這個儒家倫理道德的理想。但在這個延續(xù)了兩千年的“舊瓶”中，他是裝了“新酒”的。

蔡元培在《中學(xué)修身教科書》第一冊中，強(qiáng)調(diào)了修己的重要意義及要求。

他在《修己總論》中這樣寫道:“道德者。非可以猝然而襲取也。必也有理想、有方法。修身一科，即所以示其方法者也。夫事必有序。道德之條目。其為吾人所當(dāng)為也同。而所以行之之方法。則不能無先后。其所謂先務(wù)者。修己之道是已。”

至于如何修己，他認(rèn)為“凡道德以修己為本。而修己之道。又以體育為本。”這種“體育為本”的價值觀念，在蔡元培1912年提出的“軍國民教育、實利主義、公民道德、世界觀、美育”等五種教育方針中也有所體現(xiàn)。

“軍國民教育”與“體育為本”是一脈相承的，這一價值觀念不僅在當(dāng)時，即使在今天也有非常重要的實踐意義。對于如何康強(qiáng)身體，蔡元培提出了許多務(wù)實的要求，與后來那些泛泛而談的倫理思想有著天壤之別。

“孝行為本”的家族倫理。蔡元培認(rèn)為“凡家族所由成立者。有三倫焉。一曰親子。二曰夫婦。三曰兄弟姊妹。”“事父母之道。一言以蔽之，則曰孝。”他提倡“父慈子孝。兄友弟悌。夫義婦和。”提倡“孝者百行之本。”但對于“忠孝”這個極具中國特色的倫理道德觀念，蔡元培在《中學(xué)修身教科書》中的態(tài)度是有所批判、有所辨別的。提倡“忠孝”的同時，他反對“愚孝”、反對“盲從”。亂命不可從，“今使親有亂命。則人子不惟不當(dāng)妄從。且當(dāng)圖所以諫阻之。”

蔡元培在《中學(xué)修身教科書》中，提倡“博愛為本”的社會倫理。主張“人之在社會也，其本務(wù)雖不一而足，而約之以二綱，曰公義，曰公德”，而公義公德都離不開博愛，所以“博愛”是社會倫理的核心。“圖公益、開世務(wù)”，以美善社會，盡公義公德，這樣才能建功立