1911年10月10日，武昌革命爆發。當時的蔡元培還身在德國，正在一所德國小鎮的中學里埋頭于他的心理學實驗。這時，從遙遠的東方傳來了辛亥革命的隆隆炮聲。蔡元培敏銳地感覺到劃時代的轉折來臨了！

蔡元培馬上提前結束了他的研究，趕到德國首都柏林隨時了解國內革命形勢的進展。他和那里的中國留學生們一起閱讀報章上有關中國革命的報道，相互聯絡，想辦法響應國內的革命。

這時，上海光復后被推為滬軍都督的陳其美給蔡元培來電報促其回國，蔡元培即取道西伯利亞，于11月28日抵達上海。

從此，蔡元培投身到了創建民國的事業。

孫中山在籌建臨時政府時，本提名章太炎入閣任教育部長，因章太炎性情率直，與同志多有積怨，反對的人很多，于是，孫中山把人選改為大家眼中溫和寬厚的蔡元培。

1912年元旦，中華民國南京臨時政府成立，孫中山被一眾革命黨人推為臨時大總統。孫中山在組建政府部門的時候，任命學界革命黨人中聲望卓著的蔡元培當教育總長。

蔡元培本來曾有過“以身許國，功成身退”誓言，這時候孫中山要他去政府中當官，蔡元培先是婉辭。但眼見國家初創、百廢待舉，還遠遠沒到“功成身退”的時候，而且孫中山派來的代表說，您這樣德高望重的人如果不就任，恐怕其他的職位大家都不好就任了。于是1912年1月5日，蔡元培便以民國教育總長的身份，出現在了南京臨時政府的首次國務會議上。

這時的南京臨時政府初創，可謂無錢無糧。教育總長蔡元培曾問過給予他任命的臨時大總統孫中山，教育部在何處辦公，結果孫中山答以“此須汝自行尋覓，我不能管也”。后來，時任江蘇都督府內務司長的馬相伯先生，借給蔡元培內務司辦公樓的三間屋子，蔡元培的教育部這才開了張。

有一天，總統府通知去領教育部的辦公大印。教育部人手少，連跑腿的雜役也派不出。當了總長的蔡元培也不管什么身份，自己挾了塊白布，坐著人力車去總統府領了大印，用布包著帶回教育部。

辦公條件可以簡陋，排場也可以不講，但用人是不能有半點馬虎。在延攬部內人員時，蔡元培力求用一流的人才。許壽裳、周樹人（魯迅）、蔣維喬、鐘觀光、俞大純等大師級的人物，就是在蔡元培任教育總長時陸續進入了教育部。

有一個年僅23歲的陌生青年，叫王云五，他給蔡元培寫了一封信，力陳如何辦好民國高等教育。蔡元培細閱之下，覺得信中的意見很中肯，力邀王云五到教育部兼職。

這個王云五，后來成為著名的出版家、曾任商務印書館總經理。

兩人從此也締結下了近30年的忘年深交，1940年蔡元培在香港逝世，王云五是朋友中唯一隨侍病榻的送終者。

一天，蔡元培在報上看到《孔學商榷》一文，看后很是欣賞，一打聽，寫文章的這個叫胡玉縉的作者是清末學部的部員，蔡元培也邀請他到教育部工作。

蔡元培用人的另一個原則是“為事擇人，不設冗員”。諾大的一個教育部，連謄寫雜務在內只三十余人，不足其他部門的三分之一。

萬事開頭難，開頭的事情也特別繁雜，如摸底各地的教育狀況，有多少各級各類的學校，使用的教材情況。當時，教育部的各位同仁工作都特別緊張，有人說，“其工作氣氛頗似書局之編譯所，而絕少官衙習氣”。

當時，部內除總長和次長外，統稱籌備員，無官職和等級之分。每人每月薪俸，均為幾十元，次長和總長也不例外，酷似黎元洪領導下的首義之后的湖北軍政府。

中國古代至晚清，中式的傳統教育主要發展出了以下幾種形式

一府學和縣學。它們是為開科取士而設立的，是地方性的