高深學術，養成碩學宏材、應國家需要”為宗旨。大學分文、理、法、商、醫、工、農七科。大學本科3—4年，預科3年，預科附設于大學，不得獨立設置。大學為研究學術設大學院，不定年限。

《壬子癸丑學制》在橫向方面，分為師范教育、實業教育兩個系統。

與高等小學校平行的有乙種實業學校、實業初習學校及初習科。與中學校平行的有甲種實業學校、師范學校及補習科。與大學平行的有法政、醫學、藥學、農業、工業、商業、商船、美術、音樂、外國語等專門學校以及高等師范學校。

該學制為參照日本明治維新后新學制擬定，廢除了教育上的兩性差別和滿清貴胄學堂。除高師外，允許開辦私立學校。

尊孔讀經，千百年來成為一種神圣和至高無上的東西，與封建制度扭結在一起，成為中國邁入近代門檻的惰性因素。經受了歐美現代文明洗禮的蔡元培，認為“尊孔與信仰自由相違背，雖然孔子和他的學說在學術上自有其價值，但后世將此演化成為儒教、孔教，定為一至尊，叫人頂禮膜拜，則極不合理。宗教信仰自由是人的三大自由之一，學校不是教堂，不能強行要求人信奉哪種宗教。

在全國教育臨時會議上，蔡元培提出的《學校不應拜孔子案》。雖然受限于當時的大環境，蔡元培提出的《學校不應拜孔子案》沒有在會議上通過。但畢竟明文廢止了在中小學一直實行的“尊孔讀經”儀式，這不能不是這次會議的又一個成果。

孔孟之道的“克己”，以所謂的“義”否定“利”的義利觀，和宣揚禁欲主義的佛教，和奉行蒙西九戒基督教一樣，歸根結底是屬于維護封建統治的思想體系。三者在歷史上，在推翻奴隸制度過程中，都曾經起到革命作用，但伴隨著新時代的來臨，從總體思想上畢竟成為過時的東西。新的時代講求等價交換，注重實利講求現實利益，也就是思想家們常說的，人們要從彼岸世界回到現實世界來，要從那些蒙蔽人們的關于未來世界的幻想中，回到現實世界。一個越是不能保障人們的利益的社會，就是越起勁的忽悠和教化人們忘掉自己、無視自己的利益。比如不合理的封建等級制度，比如上個世紀六十年代極左主義喊出的“狠斗私字一閃念”。

毫無疑問，蔡元培對尊孔讀經的抵制，是順應歷史潮流的。

此次會議的多數提案形成教育政策,并且在教育實踐中影響深遠。一個共同的認識是全國臨時教育會議是民初教育改革的重大舉措之一，為民初教育發展作出了很大貢獻?