科的專科學校存在。

蔡元培提出了這種辦學方式的弊端一方面，“同時并立，義近駢贅。且兩種學校之畢業生，服務社會，恒有互相齟齬之點”，也就是說，這相當于重復建設，資源重疊，又導致綜合性大學和專科大學的同種專業畢業生形成無必要的競爭；另一方面，高、大、全的學科設置，對大學來講也造成了不必要的負擔，分散了大學的辦學精力和資源。例如，北大五個學科雖然看起來齊備全面，“而每科所設，少者或止一門，多者亦不過三門。欲以有限之經費，博多科之體面，其流弊必至如此”。

蔡元培力排來自各方的阻力，在北大停辦了商科，將北大的工科并入北洋大學，并計劃將北大法科分出去，獨立成立法學專科大學這一計劃后來沒有實現。同時，大力充實北大的文、理兩科。在文科中，除原有的中國哲學專業、中文專業、英國文學專業外，又先后增設中國史專業、法國文學專業、德國文學專業、俄國文學專業；在理科，除原有的數學、物理、化學三門外，又于1917年增設地質學專業。

在蔡元培的領導下，北大建成了一所以文、理科為主的綜合性大學。難能可貴的是，蔡元培還提出了“溝通文理”的主張，原因很簡單，在蔡元培看來，文、理是不能“分家”的。

例如在他看來，文科的史學、文學均與科學有關；而哲學更是以自然科學為基礎的；同樣的，理科的各個專業，都與哲學有關。蔡元培認為，哲學應是科學的歸宿。同時，有些學科彼此交叉，根本無法以文理來劃分。例如，心理學以前從屬于哲學，由于后來廣泛采用科學試驗的方法，歸入理科也說得通；再如地理學中的人文方面應屬于文科，地質專業的地文方面則屬于理科的范疇。

蔡元培批評文理科劃分得過于清晰，弊端很大。他認為這造成的后果是，文科生將“因與理科隔絕之故，直視自然科學為無用，遂不免流于空疏”，理科學生則“以與文科隔絕之故，遂視哲學為無用，而陷于機械的世界觀”。這個看法是深刻而富于遠見的。蔡元培堅決主張北大應打破學生“專己守殘之陋見”，“溝通文理，合為一科”。

1918年9月20日，蔡元培在開學儀式的演講上說；“近并鑒于文科學生輕忽自然科學，理科學生輕忽文學、哲學之弊，為溝通文、理兩科之計畫。”

1919年，蔡元培即廢止北大文理科的科別，將原來分屬文、理、法三科的14個專業一律改成為系，原來分屬于這三科的各系分別改稱第一院、第二院、第三院。這個院，不是院系的院，而是大院的院，也就是說，是按各科所在校園內的地域而劃分的，并不算做一級機構，從而模糊了專業的概念。

一個沒有哲學和思想的民族是沒有靈魂的民族，注定不能自立于世界民族之林。但在中國近代“救亡圖存”的風氣之下，在學人中也出現了急功近利的浮躁思維。蔡元培之所以如此重視文、理兩科，并且還如此重視“文理溝通”，他深層次的目的還在于，要扭轉當時大學中“重術輕學”“重工輕文理”的偏向，從而為基礎學科的學術研究營造風氣。

蔡元培進一步提出，中國近代在學習西方過程中亦始終犯了“重術輕學”的毛病。

他說“中國羨慕外人的，第一次是見其槍炮，就知道他的槍炮比吾們的好。以后又見其器物，知道他的工藝也好。又看外國醫生能治病，知道他的醫術也好。有人說，外國技術雖好，但是政治上止有霸道，不及中國仁政。后來才知道外國的憲法、行政法等，都比中國進步。于是要學他們的法學、政治學，但是疑他們道學很差，以后詳細考查，又知道他們的哲學，亦很有研究的價值。他們的好處都知道了，于是出洋留學生，日多一日，各種學術都有人研究了。然而留學生中，專為回國后占地位謀金錢的也很多。所以學工業，預備作技師。